Il sera recruté par Miles Davis avec lequel il sera de son fameux second quintet entre 1964 et 1970. Ce quintet sera composé de Ron Carter à la basse, Tony Williams à la batterie, Miles à la trompette et Herbie Hancock au piano/claviers. Ce dernier dira de Shorter qu'il était le seul qui arrivait avec le groupe avec de la musique composée qui restait inchangée par Miles. Il sera de ceux qui pousseront pour briser les formes traditionnelles musicales de jazz. Même quand le quintet se sépare, en 1968. il reste avec Miles et sera de l'excellent essai progressif In a Silent Way et du chef d'oeuvre Bitches Brew. Jusqu'à l'album Filles de Kilimanjaro de Davis, Shorter joue du sax tenor, mais avec In a Silent Way, il passe au sax soprano.
Depuis 1959, il enregistre aussi quelques fois des albums en solo. En 1969, c'est avec des accompagnateurs de Davis, Chick Corea, au piano, claviers, et John McLaughlin fameux guitariste qu'il enregistre un nouvel album, en 1969. Sur étiquette Blue Note, il enregistre majoritairement ses propres compositions et a toujours des invités prestigieux comme Davis, Lee Morgan, McCoy Tyner, Reggie Workman ou Elvin Jones.
Avec la claviériste de Davis, Joe Zawniful et le bassiste Miroslav Vitous, il forme le band de jazz fusion Weather Report. Airto Moreira est aux percussions et Alphonse Mouzon est à la batterie. Le band durera jusqu'en 1985 et aura parmi ses rangs, l'as bassiste Jaco Pastorius, pendant un temps. On fait du funk, du bebop, du latin jazz, de l'ethnic music, du futurisme. Avec Herbie Hancock et le compositeur et chanteur brésilien Milton Nascimento, un fameux album est tricoté en 1974. De 1977 à 2002, Shorter sera de pas moins de 10 albums de Joni Mitchell qui en est une grande admiratrice devenue grande amie. C'est lui qui fait le solo de sax de la chanson titre de l'album Aja de Steely Dan. Il tourne beaucoup avec Carlos Santana et son band. Il fait aussi le solo de sax de The End of the Innocence, de Don Henley et produit des albums pour les autres. Il sera de la trame sonore du film The Fugitive.Dans les années 2000, il forme un quartet avec le pianiste Danilo Perez, le bassiste John Patitucci et le batteur Brian Blade. Signant toujours les titres de ses compositions.
Un documentaire, en 2015, nous résumes bien ses parcours, sa vision musicale.Il a vécu d'importants drames personnels, sa fille de 14 ans trouvant la mort subitement et sa seconde épouse et leur nièce trouvant la mort dans l'explosion du vol 800 de la TWA. Quand Tina Turner fuit les abus physiques de son mari Ike, c'est Shorter qui lui trouve un refuge pour 6 mois, loin de ses brutalités.
En 2016, il est l'unique récipiendaire de la bourse Guggenheim dans l'univers de la musique. Deux ans avant, les Grammys lui donnaient un prix pour l'ensemble de sa carrière. Ce sont 37 grammys qu'il gagnera dans sa brillante carrière. Riens de moins.Pour une initiation à son immense oeuvre ces 67 morceaux le mettant ne vedette sont suggérés: Free For All, Infant Eyes, Nefertiti, Dindi, Palladium
C'est un géant qui s'est éteint vendredi dernier, à l'âge de 89 ans.
Mr.Gone, gone.