Cette équipe de l’Université de l'Alabama à Birmingham ne conteste pas l’efficacité des greffes microbiennes fécales, aujourd’hui bien documentées pour leur efficacité à traiter l’infection résistance à C. difficile. Cependant, les experts révèlent un manque de prévisibilité de la réponse du patient receveur, lorsqu'aucun traitement antibiotique préalable ne lui est administré. Ces nouvelles données, présentées dans la revue PLoS ONE, vont contribuer à améliorer l’efficacité d’une stratégie souvent négligée en raison d'un manque de formation des soignants et de réticences de la part des patients.
La greffe de microbiote fécal consiste à donner à un receveur les matières fécales d'un donneur pour changer la communauté microbienne intestinale du receveur dans le côlon. Cette thérapie de dernier recours a démontré ses bénéfices chez les patients atteints d'une infection récurrente à Clostridium difficile et non répondeurs à plusieurs traitements antibiotiques.
Aujourd’hui, la greffe de microbiote fécal a élargi ses applications et montré des avantages contre l'obésité ou en faveur de l'immunité pour lutter contre le cancer.
Aujourd’hui les receveurs ne reçoivent pas d'antibiotiques suppresseurs pour éliminer la communauté microbienne avant la greffe. La communauté intestinale après la greffe est donc le résultat un consortium de microbes donneurs et receveurs qui entrent en compétition sans certitude que les « bons » microbes » l’emportent et dominent le microbiote.
Préparer le terrain aux communautés microbiennes bénéfiques du donneur
L’équipe de l'Université de l'Alabama à Birmingham alerte contre le manque de prévisibilité de l’efficacité de la greffe fécale « lorsqu'il n'y a pas de préconditionnement du microbiote, visant à réduire la communauté microbienne du receveur ».
En pratique, expliquent les auteurs principaux, Hyunmin Koo et Casey Morrow, « l’antibiotique permet de favoriser l’établissement d’une communauté microbienne intestinale dominée par les souches du donneur. Cependant, un suivi des souches reste nécessaire pour surveiller l'état de la communauté microbienne post-greffe fécale afin d’évaluer la stabilité et, finalement, le succès de la transplantation ».
L'étude : le séquençage métagénomique et l’analyse de suivi des souches en série chronologique révèle des modèles complexes de l'apparition de souches fécales dominantes de donneurs, de receveurs ou de souches non apparentées après une longue période post-greffe fécale avec de nouvelles informations sur la dynamique des interactions des communautés microbiennes.
L’analyse confirme de meilleures chances de succès de la greffe microbienne fécale pour modifier de manière prévisible les fonctions biologiques de la communauté intestinale dans le métabolisme et l'immunité de l'hôte.
Source: PLoS ONE Sept, 2022 DOI: 10.1371/journal.pone.0274633 Time series strain tracking analysis post fecal transplantation identifies individual specific patterns of fecal dominant donor, recipient, and unrelated microbial strains
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