Cette équipe de scientifiques de l’Institut de technologie de Rochester (RIT) révèle, par simulations informatiques, que les variantes du SRAS-CoV-2 sont toujours transmissibles entre différentes espèces. Des travaux publiés dans la revue Royal Society Open Science qui sensibilisent au risque significatif d’infectiosité entre différentes espèces de mammifères…dont l’Homme.
L’une des théories, sur le réservoir du virus et la source de l’épidémie désigne les chauves-souris. Elles auraient, selon cette hypothèse, transmis le SRAS-CoV-2 pour la première fois aux humains en décembre 2019, et si depuis le virus a évolué, avec l’apparition de plusieurs variantes telles que delta et omicron, l’étude suggère qu’il est bien resté, en dépit de ses mutations, « hautement transmissible entre mammifères ». Les scientifiques présentent ici résultats de simulations informatiques qui montrent que les coronavirus d’aujourd’hui utilisent toujours leurs protéines de pointe pour se fixer aux cellules hôtes chez les chauves-souris et chez les humains de manière très similaire.
L’auteur principal, Madhusudan Rajendran, étudiant et chercheur en bioinformatique et Gregory Babbitt, professeur à la Thomas H. Gosnell School of Life Sciences se sont en effet concentrés sur l’interaction entre les protéines de pointe virales de plusieurs variantes de SRAS-CoV-2 et les récepteurs ACE2 des cellules hôtes humaines, et de différentes espèces de chauves-souris. Cette recherche aboutit à des « résultats surprenants ».
Le site de liaison avec les cellules hôtes n’a pas beaucoup évolué
Les chercheurs écrivent ainsi : « Nous nous attendions à une évolution adaptative du virus, qui s’habituerait progressivement et davantage aux humains et moins aux chauves-souris, mais nous observons finalement très peu de changement sur ces interactions entre le virus et les cellules hôtes. En fait, le site de liaison n’a pas beaucoup évolué et peu d’obstacles empêchent la transmission du virus des humains aux chauves-souris ».
Une infectiosité inter-espèces élevée : c’est la conclusion de cette simulation informatique appelée dynamique moléculaire qui permet de suivre le mouvement de chaque atome fait au fil du temps et donc l’évolution des protéines virales.
Une technologie qui permet, relèvent les scientifiques, d’éviter de faire des expériences dangereuses où ils réinfecteraient des chauves-souris avec des souches virales humaines.
Source: Royal Society Open Science Nov, 2022 DOI: 10.1098/rsos.220600 Persistent cross-species SARS-CoV-2 variant infectivity predicted via comparative molecular dynamics simulation
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