COVID-19 : Mais d’où vient Omicron ?

Cette équipe de virologues de la Charité – Universitätsmedizin Berlin met en lumière les origines de la variante SARS-CoV-2, Omicon : découverte pour la première fois il y a un an en Afrique du Sud, la variante « Omicron » s'est propagée à travers le monde à une vitesse incroyable. Cependant on ignorait toujours comment, quand et où ce variant est né. La recherche, publiée dans la revue Science révèle l’existence de prédécesseurs d'Omicron sur le continent africain bien avant l’identification des premiers cas, suggérant qu'Omicron est apparu progressivement sur une période de plusieurs mois dans différents pays d'Afrique.

On sait aujourd’hui que depuis le début de la pandémie, le coronavirus ne cesse d'évoluer. Le plus grand bond observé dans son évolution a été observé il y a un an, avec la découverte d’une variante présentant pas moins de 50 mutations par rapport à la souche d’origine. Détectée pour la première fois chez un patient en Afrique du Sud à la mi-novembre 2021, la variante en question, qui devait être nommée plus tard Omicron BA.1 s'est ensuite propagée dans 87 pays à travers le monde en quelques semaines seulement.

À la fin du mois de décembre 2021, en quelques semaines, Omicron BA.1 avait remplacé la variante Delta.

2 théories pouvant expliquer cette propagation rapide ont été avancées :

• soit le coronavirus avait été transmis d'un humain à un animal où il avait muté, avant d'infecter à nouveau un humain sous le nom d'Omicron,
• soit le virus avait survécu chez une personne immunodépressive, et avait muté, durant une plus longue période de temps, chez cet hôte.

L’analyse récente d'échantillons de COVID-19 collectés en Afrique avant la première détection d'Omicron remet en question ces 2 hypothèses.

L'étude : l’équipe dirigée par le Pr Jan Felix Drexler, chercheur en virologie à l'Institute of Virology at Charité et au German Center for Infection Research (DZIF) en collaboration avec un réseau euro-africain comprenant la Stellenbosch University (Afrique du Sud) et le Laboratory of Viral Hemorrhagic Fever (LFHB, Benin) a d’abord développé un test PCR spécifique permettant de détecter spécifiquement la variante BA.1 d'Omicron. Les chercheurs ont ensuite testé plus de 13.000 échantillons respiratoires de patients COVID-19 de 22 pays africains, recueillis entre la mi-2021 et le début de 2022. Cette analyse identifie :

• des variantes de type Omicron portant des mutations spécifiques chez 25 personnes de 6 pays différents, et cela 2 mois avant que la variante ne soit détectée pour la première fois en Afrique du Sud.

En savoir plus sur les origines d'Omicron : le séquençage du génome viral de quelque 670 échantillons a permis d’identifier plusieurs virus présentant des degrés divers de similitude avec Omicron mais sans être identiques.

• Omicron aurait ainsi différents ancêtres

• Ces différents ancêtres ont interagi les uns avec les autres, ont circulé en Afrique, parfois simultanément, pendant des mois. Ainsi, la variante BA.1 Omicron a évolué progressivement, période pendant laquelle le virus s'est de plus en plus adapté à l'immunité humaine existante.
• D’autres analyses montrent également qu’Omicron s’est propagé du sud au nord à travers le continent africain en quelques semaines seulement.

Ainsi, l’émergence soudaine d'Omicron ne peut pas être attribuée à un saut de l’Homme à l’animal et vice versa ou à l'émergence de nouvelles mutations à partir d’un seul patient immunodéprimé, même si ces 2 scenarii ont probablement contribué à l’apparition de nouvelles variantes. Le fait qu'Omicron nous ait pris par surprise est plutôt dû lié à des carences diagnostiques qui perdurent dans de grandes régions d’'Afrique. Les chercheurs soutiennent ainsi que dans ces larges zones, l'évolution progressive d'Omicron aurait donc pu passer inaperçue et appellent donc à renforcer, de toute urgence, les systèmes de surveillance diagnostique sur le continent africain.

Source: Science 1 Dec, 2022 DOI: 10.1126/science.add8737 Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa

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Équipe de rédaction SantélogDéc 4, 2022Rédaction Santé log