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Des femmes disparaissent mystérieusement, l'une d'entre elles est un agent du FBI. Tout son service se met à sa recherche avec l'aide d'un prêtre, anciennement pédophile mais qui se soigne, qui a la capacité d'avoir des visions troublantes. Mais cela ne suffit pas pour résoudre l'affaire. On fait donc appel à Scully, qui a repris ses fonctions de docteur, et à Mudler, écarté du FBI pour des raisons non expliquées.
Le couple se reforme, se confronte aux délires du prêtre et tente de solutionner l'affaire. Mais à cela s'entremêlent les rapports troubles et mouvementés de Scully et Mulder, une opération chirugicale délicate sur un jeune garçon imposée par Scully, de fausses pistes de traffic d'organes. Si bien que l'on noie volontairement le poisson et le spectateur en ressort trompé, une sombre histoire d'os. Aussi sombre que l'intrigue, que l'image que nous impose le réalisateur.
A cela, j'ajoute sans dévoiler la fin le fait que l'on ne comprend pas les motivations des "méchants". D'habitude quand ce genre de personnage commet des actes délictueux c'est par passion, pour le fric, pour ravir leur ego, devenir des maîtres d'un monde perdu, mais là on ne sait pas et on ne veut pas nous mettre dans la confidence. Alors, bof voilà un simple mot qui peut résumer tous mes ressentis vis à vis de ce film.