Cette étude française, menée par une équipe de scientifiques de l’Institut Pasteur avec des collègues de la KU Leuven, confirme la capacité élevée d’échappement du variant Omicron, qui résiste à la plupart des anticorps monoclonaux mais aussi aux anticorps conférés par une vaccination à 2 doses ou une précédente infection. L’étude, publiée dans la revue Nature confirme aussi l’efficacité d’une 3è dose de vaccin (ou rappel) à neutraliser Omicron, mais pour quelle durée ?
La variante Omicron a été détectée pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021 et s’est depuis propagée très rapidement dans de nombreux pays. Les premières études épidémiologiques que le variant Omicron est plus transmissible que le variant Delta. Ainsi, en Afrique du Sud, Omicron a remplacé les autres virus en quelques semaines et a entraîné une forte augmentation du nombre de cas diagnostiqués. Des analyses dans différents pays indiquent que le temps de doublement des cas est d’environ 2 à 4 jours. Omicron a aujourd’hui été détecté dans des dizaines de pays, dont la France et est devenu globalement dominant dans le monde fin 2021.
Omicron est donc plus transmissible que Delta : on constate aujourd’hui qu’Omicron est capable de se propager aux personnes ayant reçu 2 doses de vaccin et aux personnes ayant déjà été infectées par une précédente souche.
Les caractéristiques biologiques de la variante Omicron ne sont pas totalement connues. On sait que le variant présente plus de 32 mutations dans la protéine de pointe par rapport à la souche d’origine et a été désignée comme variante préoccupante (VOC) par l’OMS le 26 novembre 2021.
Pourquoi Omicron est-il plus transmissible et quelle efficacité de la dose de rappel ?
Les chercheurs de l’Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration avec des collègues de la KU Leuven (Louvain, Belgique), l’Hôpital Régional d’Orléans, l’Hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP), l’Inserm et le CNRS, ont étudié la sensibilité du variant Omicron,
- aux anticorps monoclonaux utilisés en pratique clinique pour prévenir les formes sévères de la maladie chez les personnes à risque,
- aux anticorps présents dans le sang de personnes ayant été précédemment infectées par le SRAS-CoV-2 ou vaccinées.
Les scientifiques de la KU Leuven avait isolé la variante Omicron à partir d’un échantillon nasal d’une patiente de 32 ans qui avait développé un COVID-19 modéré quelques jours après son retour d’Égypte. Le virus isolé a été immédiatement envoyé aux scientifiques de l’Institut Pasteur, où des anticorps monoclonaux thérapeutiques et des échantillons de sérum de personnes vaccinées ou précédemment exposées au SRAS-CoV-2 ont été utilisés pour étudier la sensibilité de la variante à ces anticorps. Les chercheurs ont comparé cette sensibilité avec celle de la variante Delta. Les analyses montrent que :
- Omicron est beaucoup moins sensible aux anticorps neutralisants que Delta ;
- chez les participants vaccinés avec 2 doses du vaccin Pfizer ou AstraZeneca, et 5 mois après la vaccination, les anticorps dans le sang ne sont plus capables de neutraliser Omicron ;
- La même perte d’immunité est observée chez les personnes précédemment (au cours des 12 mois précédents) infectées par le SRAS-CoV-2 ;
- l’administration d’une dose de rappel du vaccin Pfizer ou d’une dose unique de vaccin à des personnes précédemment infectées permet une augmentation significative des taux d’anticorps, suffisante pour neutraliser Omicron ;
- Omicron est donc beaucoup moins sensible aux anticorps anti-SARS-CoV-2 actuellement utilisés en pratique clinique ou obtenus après deux doses vaccinales.
Précisément,
- 9 anticorps monoclonaux utilisés en pratique clinique ou actuellement en développement préclinique ont d’abord été testés vs Omicron : 6 de ces anticorps ont perdu toute activité antivirale et les 3 autres se sont avérés 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron vs contre Delta. Cela suggère que
- Omicron a acquis une résistance importante aux anticorps. « La plupart des anticorps monoclonaux thérapeutiques actuellement disponibles contre le SRAS-CoV-2 sont inactifs », confirme le Pr Olivier Schwartz, co-auteur et responsable de l’unité Virus et Immunité à l’Institut Pasteur.
- le sang de patients précédemment infectés par le COVID-19, collecté jusqu’à 12 mois après les symptômes, et celui des participants ayant doses du vaccin Pfizer ou AstraZeneca, 5 mois après la vaccination, neutralisent à peine la variante Omicron ;
- les sérums des participants ayant reçu la dose de rappel (3è dose) de Pfizer, un mois après la vaccination, restent efficaces contre Omicron ;
- néanmoins, dans les tests de culture cellulaire.
5 à 31 fois plus d’anticorps s’avèrent nécessaires pour neutraliser Omicron, par rapport à Delta.
Quelle sera la durée de protection de la dose de rappel ? « Les vaccins deviennent probablement moins efficaces à protéger contre la contamination du virus, mais devraient continuer à protéger contre les formes sévères », écrivent les chercheurs.
Les scientifiques concluent que les nombreuses mutations de la protéine de pointe du variant Omicron lui permettent d’échapper en grande partie à la réponse immunitaire. Des recherches en cours sont menées pour déterminer pourquoi cette variante est plus transmissible et pour analyser l’efficacité sur la durée de la dose de rappel.
Source: Nature 23 Dec, 2021 DOI: 10.1038/d41586-021-03827-2 Considerable escape of SARS-CoV-2 Omicron to antibody neutralization
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