Le premier sanctuaire des baleines a été établi par dans l'Antarctique en 1938, au sud du 40° parallèle sud entre les longitudes ouest 70° et 160°. Ce sanctuaire a été maintenu jusqu'en 1955 pour être ouvert ensuite temporairement pendant trois années afin de réduire la pression de la chasse sur les autres zones. Par la suite, en 1979, la CBI a établi le sanctuaire de l’Océan Indien, protégeant ainsi une zone dans laquelle les baleines viennent se reproduire, mettre bas et allaiter leurs petits. 15 ans plus tard, en 1994 la CBI décide la mise en place d’un sanctuaire des mers australes. Celui-ci couvre toutes les eaux entourant l'Antarctique et protège une zone où s'alimentent les trois quarts des baleines de la planète. Seul le Japon s'opposa à la création du sanctuaire de l'Océan Austral. En 2004, la nouvelle coalition anti-sanctuaire échoue à nouveau (25 voix pour et 30 voix contre et deux abstentions). Le japon est alors publiquement accusé d’avoir acheté les voix de pays pauvres par le truchement de l’aide Internationale.
« Le Japon continue de chasser la baleine sous des motifs dits scientifiques »
Comme les sanctuaires ne s'appliquent qu'à la chasse commerciale, le Japon continue de chasser la baleine sous des motifs dits scientifiques. Il est pourtant notoire que la viande de baleine est légalement vendue sur les étals japonais. L’image internationale du japon souffre beaucoup de sa politique baleinière, la question de la survie des baleines devenant un symbole pour la communauté internationale. Le contournement des règlements internationaux et le massacre de cétacés par le Japon sont perçus comme sournois et cruel par l’opinion publique qui se passionne de plus en plus pour la cause des cétacés. Certains pays comme l’Australie montent au créneau et le problème devient source de heurts diplomatiques. Il est clair aujourd’hui que l’attitude du Japon frise l’entêtement : les gains de leur politique pro chasse sont infinitésimaux au regards des désavantages.
Les sanctuaires baleiniers sont économiquement intéressants et constituent un progrès environnemental. L’activité touristique d’observation des baleines (whalewatching) est génératrice de revenus alternatifs bien supérieurs à ceux de la chasse. Inoubliable , le spectacle des baleines permet la sensibilisation du grand public et encourage donc la protection et la recherche sur les cétacés. Les sanctuaires baleiniers promeuvent l'espoir d'un monde sans chasse baleinière.