COVID-19 : Le microbiote nasal pour détecter sa sévérité

Ces virologues de l'Université Augusta ont identifié, dans le microbiote nasopharyngé, des indices sur les personnes qui développeront les symptômes du COVID-19. Ainsi, ces travaux, publiés dans la revue Diagnostic montrent que le microbiote du nez et du haut de la gorge contient des biomarqueurs précieux pour l’évaluation de la sévérité d’une infection à SRAS-CoV-2. Au-delà ces résultats pourraient permettre de développer de nouvelles stratégies de traitement du COVID-19.

Ce microbiote nasopharyngé est généralement considéré comme une protection de première ligne contre les virus, bactéries et autres agents pathogènes qui pénètrent dans ces voies de passage naturelles, rappelle l’auteur principal, le Dr. Sadanand Fulzele, chercheur en gériatrie au Medical College of Georgia de l'Université Augusta. Par ailleurs, de précédentes études ont confirmé le nez comme un point d’entrée particulièrement sensible du coronavirus. « Des millions de personnes sont infectées et relativement peu deviennent symptomatiques. Cette vulnérabilité nasopharyngée pourrait être l'une des raisons », explique le Dr. Ravindra Kolhe, directeur du Georgia Esoteric and Molecular Laboratory.

Une forte association entre le microbiote nasal, l'infection par le SRAS-CoV-2 et sa sévérité

Lorsque les chercheurs de Géorgie examinent le microbiote nasopharyngé de 27 participants âgés de 49 à 78 ans négatifs pour le virus, 30 positifs exempts de symptômes et 27 positifs avec des symptômes modérés ne nécessitant pas d'hospitalisation, ils identifient alors des signatures ou schémas distincts.

• Les changements les plus significatifs sont trouvés chez les participants symptomatiques ;
• chez les participants asymptomatiques, « la lecture bactérienne reste faible » dans la cavité nasopharyngée ;
• des communautés bactériennes différentes sont retrouvées chez les patients infectés avec et sans symptômes : les sujets symptomatiques présentaient des taux significativement plus élevés de deux espèces bactériennes, dont Cutibacterium, des bactéries généralement retrouvées sur la peau et associées à l'acné mais aussi aux infections cardiaques et aux infections de l'épaule suite à une intervention chirurgicale. À l'inverse, mes chercheurs constatent une présence significativement plus faible d’un petit groupe d'autres bactéries peu étudiées ;
• le microbiote des 2 groupes de participants infectés, symptomatiques et asymptomatiques, présentait des niveaux élevés de cyanobactéries, généralement retrouvées dans l'eau contaminée mais aussi dans le microbiome dans lequel ces bactéries semblent jouer un rôle de régulation de la réponse immunitaire. Ces bactéries pénètrent généralement dans le corps par les muqueuses, comme celles du nez. Enfin, ces bactéries sont également connues pour pouvoir provoquer une pneumonie et des lésions hépatiques. Ici l’analyse montre que les participants symptomatiques en ont 2 fois plus.  

Le virus semble « éclaircir » le microbiote nasopharyngé : « Nous ne savons pas ce qui se produit en premier, la maladie ou l'effacement du microbiote. Le nez qui coule et les éternuements pourraient expliquer une partie de la perte de microbiote ou encore une densité trop faible de microbes pourrait avoir augmenté le risque de symptômes, ou encore, le coronavirus peut lui-aussi modifier l’ensemble du paysage bactérien », écrivent les chercheurs, plutôt en faveur de cette dernière hypothèse.

Sur la base des nombreuses recherches déjà menées sur le microbiote intestinal, les chercheurs pensent que le repeuplement ou la modulation du microbiote nasal pourrait contribuer à réduire le risque de symptômes sévères de COVID-19. Alors que le mode de transmission du SARS-CoV-2 est lié à l’expectoration de gouttelettes ou d’aérosol lorsqu'une personne tousse, éternue ou même parle, et que le mode d’infection dépend de la fonction de barrière naturelle du mucus de la zone nasopharyngée, un microbiote altéré est très probablement à la fois un facteur de transmission et d’infection.

Ainsi, l’étude révèle indique une association entre le microbiote nasal, l'infection par le SRAS-CoV-2 et sa gravité. Si cette analyse a été effectuée avant l’émergence des variants actuels, les scientifiques écrivent que les différences identifiées dans le microbiote sont probablement également valables avec ces nouveaux variants.

Ces données sont cohérentes avec celles d’études récentes, suggérant que la composition bactérienne du canal nasal peut avoir une influence « drastique » sur le développement des infections respiratoires et la gravité des symptômes. Certaines études ont indiqué que le microbiote nasal peut influencer la charge virale, la réponse immunitaire et les symptômes d'une infection à rhinovirus, le virus responsable de 10 à 40 % des rhumes.

En résumé, un même écouvillon nasopharyngé utilisé pour de nombreux tests COVID permettrait d'effectuer une analyse du microbiote et de prévoir les suites de l’infection …

Source: Diagnostics September 2021 DOI: 10.3390/diagnostics11091622 Alteration in Nasopharyngeal Microbiota Profile in Aged Patients with COVID-19

Lire aussi : COVID-19 : Le point d’entrée, c’est le nez

Équipe de rédaction SantélogSep 29, 2021Rédaction Santé log

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