ANTIBIORÉSISTANCE : Elle voyage aussi

Les voyageurs ramassent de nombreux gènes qui favorisent la résistance microbienne, nous explique cette équipe de l'Université de Washington, et ces « nouveaux » gènes peuvent ensuite se propager lorsque les voyageurs rentrent chez eux. Cette recherche, publiée dans la revue Genome Medicine, alerte notamment sur un processus de propagation rapide de ces résistances : différentes communautés bactériennes partagent leurs gènes de résistance aux antimicrobiens via un processus  connu sous le nom de transfert horizontal soit l'échange d'éléments génétiques mobiles ou d'extraits d'ADN « qui sautent d'une bactérie à une autre ».

Les microbiologistes comparent ces superbactéries à des passagers clandestins cachés dans les microbiotes des voyageurs internationaux : « Même avant la pandémie de COVID-19, nous savions que les voyages internationaux contribuaient à l'augmentation et à la propagation mondiales de la résistance aux antimicrobiens », explique l’auteur principal, Alaric D'Souza, étudiant en médecine à l'Université de Washington. « Cependant, avec cette nouvelle recherche, nous identifions de nombreux gènes, complètement nouveaux, associés à la résistance aux antimicrobiens et qui laissent présager un problème encore plus inquiétant de santé publique ».

Les voyageurs internationaux rapportent une abondance inattendue de nouvelles souches bactériennes

De nombreux pays en développement constituent des « ruches » d’infections de plus en plus résistantes aux antibiotiques. Dans ces pays, les densités de population favorisent le partage de ces bactéries dans la communauté et leur transmission aux voyageurs par exposition via l'eau et/ou des aliments contaminés, ou par contact avec des surfaces contaminées dans les toilettes, les restaurants, les chambres d'hôtel et des transports en commun mal désinfectés. De retour chez eux, les voyageurs peuvent transmettre ces nouvelles bactéries à leur famille, à leurs amis et autres contacts dans la communauté.

L'étude : ici, les chercheurs analysent les communautés bactériennes du microbiome intestinal à partir d’échantillons fécaux de 190 participants néerlandais à l’étude Combat (Carriage Of Multi-sistant Bacteria After Travel), avant et après un voyage dans l'une des 4 régions internationales dans lesquelles la prévalence des gènes de résistance est élevée : Asie du Sud-Est, Asie du Sud, Afrique du Nord et l'Afrique de l'Est.

L’équipe a utilisé une combinaison de séquençage complet du métagénome et de métagénomique fonctionnelle pour identifier les gènes connus et nouveaux qui codent pour la résistance aux antimicrobiens. Il existe des techniques génomiques plus traditionnelles qui vont rechercher des signatures génétiques distinctives d'agents pathogènes individuels. Mais ces tests ne peuvent identifier que des pathogènes déjà connus, alors que le séquençage métagénomique peut identifier tous les organismes présents dans un échantillon donné : les bonnes bactéries, les bactéries dangereuses et même de nouvelles bactéries.

Cette analyse identifie :

• des augmentations significatives liées aux voyages, dans l'acquisition de gènes de résistance, l'abondance et la diversité de bactéries endémiques spécifiques à la région visitée ;
• 121 gènes de résistance aux antimicrobiens. 51 d'entre eux ont été découverts grâce à la technique de métagénomique plus sensible, ce qui suggère que certains gènes dangereux ne sont pas pris en compte par les approches plus conventionnelles ;
• 56 gènes uniques de résistance aux antimicrobiens ont bien été identifié comme ayant « envahi » le microbiome intestinal des participants au cours de leurs voyages à l'étranger : parmi ces gènes de résistance, les chercheurs identifient des gènes de résistance aux antibiotiques bêta-lactamines (β-lactamines) et à la colistine.

Les voyages, facteur de propagation des résistances : ces résultats soutiennent donc les déplacements internationaux comme facteur et vecteur de propagation mondiale de gènes de résistance aux antimicrobiens.  Les auteurs rappellent que l’antibiorésistance est considérée aujourd’hui comme une priorité de Santé publique par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). La résistance aux bêta-lactamines, en particulier, est en train de se développer dans le monde entier et confère une large résistance au traitement par les pénicillines et d'autres antibiotiques importants. Idem pour la colistine, le traitement de dernier recours pour les infections par des bactéries gram-négatives multirésistantes.

Si la résistance à la colistine se propage à des bactéries résistantes à d'autres antibiotiques,

ces bactéries pourraient provoquer des infections totalement incurables…

Un transfert « horizontal » de gènes : alors qu’avec des expositions répétées aux antibiotiques, certaines bactéries peuvent développer mais lentement, une antibiorésistance, le partage de gènes de résistance peut se faire beaucoup plus rapidement, entre bactéries, par transfert horizontal. Lors de ce transfert, des extraits d'ADN passent d’une bactérie à une autre. Et comme les gènes qui codent pour la résistance à différentes classes d'antibiotiques sont souvent situés sur ces mêmes éléments mobiles, un seul échange horizontal peut convertir des bactéries jusque-là sensibles aux antibiotiques en bactéries multi ou super-résistantes. D’ailleurs, les scientifiques identifient ici une association significative entre certains gènes de résistance et ces éléments génétiques mobiles.

Ainsi, ces travaux apportent non seulement de nouvelles connaissances sur les gènes de résistance aux antimicrobiens mais aussi sur les mécanismes génétiques qui sous-tendent ce partage rapide dans les microbiomes intestinaux des voyageurs internationaux. De nouvelles stratégies sont donc nécessaires pour contrer le développement de ces résistances liées aux voyages.

Source: Genome Medicine 07 June 2021 DOI : 10.1186/s13073-021-00893-z Destination shapes antibiotic resistance gene acquisitions, abundance increases, and diversity changes in Dutch travelers

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Équipe de rédaction SantélogJuin 8, 2021Rédaction Santé log

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