En 1961, Fraternité africaine, affiliée au Grand Orient de France, la Grande Loge de France, Concorde universelle, Fraternité Indépendance à Abidjan et Unité et progrès à Bouaké fusionnent pour créer une nouvelle obédience nationale appelée la Grande Loge de Côte d’Ivoire (GLCI).
Cette nouvelle loge négocie sa reconnaissance avec les obédiences françaises. En 1963 l’épisode dit des « faux complots » éclate. Le président Houphouët accuse publiquement la franc-maçonnerie ivoirienne, et particulièrement la Grande Loge de Côte d’Ivoire de mener des activités subversives contre l’État.
Houphouët ne comprenait pas pourquoi des gens pouvaient se regrouper pour réfléchir sur le monde, alors qu’ils n’étaient pas forcément de la même ethnie, de surcroît blancs et des noirs. Dans ces années soixante de paranoïa générale au sommet des états africains, s’en était de trop. Il fallait qu’ils arrêtent de réfléchir de cette manière suspecte entre eux. Et réfléchir à quoi d’ailleurs en ces temps de parti unique ? Il a très vite été établi par ses services que ces francs-maçons constituaient une aile gauche du PDCI, en sympathie avec les communistes francs-maçons.
Alors qu’ils étaient en plein travaux, tous les francs-maçons sont arrêtés. L’un d’eux était Ernest Boka, alors président de la Cour suprême. Il fut désigné comme le principal meneur des complots. Outre Ernest Boka, cinq autres personnes, identifiées comme francs-maçons ivoiriens, furent condamnées à mort par la Cour de sûreté de l’État en 1964, après un procès expéditif et un réquisitoire prononcé par Grégoire Yacé, alors président de l’Assemblée nationale. Jean-Baptiste Mockey, Jean Konan Banny, Kacou Aoulou et Charles Donwahi. Amadou Thiam, père de Tidjane est acquitté.
Beaucoup d’autres francs-maçons furent emprisonnés. La plupart des français membres de la loge furent expulsés du pays. La Grande Loge de Côte d’Ivoire fermée et la franc-maçonnerie interdite sous peine de prison. Le projet de construction de l’immeuble la Pyramide de l’architecte italien Rinaldo Olivieri est alors mis en stand-by. En effet Olivieri qui n’est pas officiellement franc-maçon, mais son portfolio laisse apparaître une certaine fascination pour Cagliostro, Fondateur en 1780 du « Rite de la Haute Maçonnerie Egyptienne ».
Ça a suffit pour bloquer le projet de construction de cet immeuble à Abidjan dont la forme fut alors jugée suspecte, car pyramidale et adossée à un Obélix géant. En 1967 alors que Houphouët se rend compte qu’il a été trompé, le projet est relancé. Mais la conséquence de ces arrestations de francs-maçons en 1964 fut un retour de la franc-maçonnerie dans la clandestinité jusqu’en 1972 comme cela s’était déjà passé sous Vichy après 1941. En 1971, le président Houphouët reconnut qu’il avait été trompé par un commissaire de police et que les complots étaient une affabulation. Mais la franc – maçonnerie est placée sous surveillance étroite.
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