Il est aujourd’hui possible de suivre, grâce au GISAID, de suivre en temps réel l'évolution du coronavirus SARS-CoV-2 dans le monde. Grâce à cette initiative, les chercheurs du monde entier mettent rapidement leurs données de séquence virale à disposition via la base de données de séquences virales. La disponibilité à ce jour de dizaines de milliers de séquences a permis à cette équipe du La Jolla Institute et de la Duke University, d'identifier l'émergence de la variante D614G. Une nouvelle variante du coronavirus à l'origine du COVID-19, qui domine aujourd’hui la pandémie, selon ces données publiées dans la revue Cell.
Le GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) a été créé pour encourager la collaboration entre les chercheurs sur la grippe, mais au début de l'épidémie COVID-19, le consortium a créé une base de données SARS-CoV-2, devenue aujourd’hui la référence pour les chercheurs du monde entier.
Un nouveau variant avec un changement D614G dans Spike
Ce nouveau variant surpasse la souche originale, mais, précisent ici les scientifiques, ne « rend pas les patients plus malades ». La variante en question, nommée D614G, modifie légèrement mais efficacement la protéine « Spike » du virus (voir schéma), que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines.
Une variante favorable à une circulation plus active : la recherche montre que ce changement spécifique dans le génome de SARS-CoV-2, est associé à une transmission virale accrue de COVID-19 car le variant est plus infectieux en culture cellulaire. L’auteur principal, Bette Korber, biologiste au Los Alamos National Laboratory commente ce constat : « La variante D614G a attiré notre attention au début du mois d'avril, car nous avions alors observé un schéma étonnamment répétitif. Partout dans le monde, même en cas d’épidémie locale, la variante D614G devenait rapidement la forme virale la plus répandue ». Cette suprématie du nouveau variant s'est produite à tous les niveaux géographiques: pays, région, comté et ville.
Des preuves expérimentales soutiennent ces données épidémiologiques : des expériences menées au La Jolla Institute, montrent que ce changement D614G augmente, in vitro, l'infectiosité du virus. Il reste néanmoins à poursuivre avec des expériences in vivo pour cerner toutes les implications de cette variante virale.
Le taux de mutation du coronavirus reste faible : SRAS-CoV-2 présente globalement un faible taux de mutation et bien inférieur à celui des virus grippaux et du VIH-SIDA. La variante D614G apparaît comme faisant partie d'un ensemble de quatre mutations liées qui semblent s'être produites une fois, puis se sont déplacées ensemble dans le monde sous la forme d'un ensemble cohérent de variations. De récentes données cliniques montrent que même si les patients atteints du nouveau virus « G » portent plus de copies du virus que les patients infectés par « D »,
la sévérité de la maladie ne semble pas augmentée.
Cependant, ces suggèrent que la nouvelle forme du virus peut être plus facilement transmissible que la forme originale ce qui met en évidence la nécessité des mesures de distanciation sociale et le port du masque. De plus, d’autres observations de patients COVID-19 suggèrent une association de la variante D614G avec des charges virales plus élevées dans les voies respiratoires supérieures.
Source: Cell 26 June, 2020 DOI: 10.1016/j.cell.2020.06.043 Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus (Schéma Los Alamos National Laboratory)
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Équipe de rédaction SantélogJuil 3, 2020Rédaction Santé log