Cette analyse basée sur une technique de « réseau génétique » fournit un instantané des origines de la pandémie et des différentes voies d’évolution du coronavirus SARS-CoV-2. Les chercheurs de Cambridge, du Royaume-Uni et d'Allemagne sont en effet parvenus, grâce à l’analyse de génomes du coronavirus, à retracer, à travers ses mutations, une partie de sa propagation sous forme de différentes lignées virales. Ces travaux, publiés dans les Actes de l’Académie des Sciences américaine, identifient notamment une variante, « C », principalement retrouvée chez les premiers patients européens, en France, en Italie, en Suède et en Angleterre.
Cette analyse des 160 premiers génomes viraux complets séquencés de patients humains a permis de cartographier la propagation du nouveau coronavirus, de Wuhan jusqu’en Europe, avec ses principales mutations : « Nous avons utilisé un algorithme de réseau pour visualiser tous les ramifications possibles mais il y a trop de mutations rapides pour tracer précisément l’arbre généalogique de COVID-19 », précise l’auteur principal, le généticien Dr Peter Forster, auteur principal de l'Université de Cambridge. Son équipe a en effet utilisé des techniques déjà connues pour cartographier les mouvements de populations humaines préhistoriques à travers l'évolution de l’ADN. Cependant, c'est la première fois que ces techniques sont utilisées pour tracer les voies d'infection d’un virus.
3 grandes lignées, A, B, et C
La recherche identifie 3 variantes distinctes de SARS-CoV-2, ou « grappes » de lignées étroitement apparentées, nommées « A », « B » et « C » à partir des données de séquençage de virus échantillonnés à travers le monde entre le 24 décembre 2019 et le 4 mars 2020.
Le type « A » :
- c’est le plus proche du coronavirus découvert chez les chauves-souris, retrouvé le plus fréquemment à Wuhan, sans être étonnamment le type prédominant de la ville ;
- un grand nombre de virus de type A ont été découverts chez des patients américains et australiens ;
- des versions mutées de « A » ont ainsi été retrouvées chez des Américains ayant vécu ou en provenance de Wuhan.
Le type « B » :
- C’est le principal type de virus circulant à Wuhan ;
- Il est répandu chez les patients de toute l'Asie de l'Est ;
- la variante n'a pas voyagé au-delà de l’Asie de l’Est sans évoluer ce qui suggère « une résistance contre ce type en dehors de l'Asie de l'Est ».
Le type « C » :
- C’est le principal type européen, retrouvé chez les premiers patients de France, d'Italie, de Suède et d'Angleterre ;
- Ce type est totalement absent de l'échantillon chinois de l'étude, mais il a été également observé à Singapour, à Hong Kong et en Corée du Sud.
Ainsi, la variante « A », la plus proche du virus trouvé à la fois chez les chauves-souris et les pangolins, est décrite comme la racine de l'épidémie, le type « B » séparé de « A » par deux mutations, puis « C » est à son tour issue de « B ».
Un traçage précis des voies de propagation : globalement, les techniques de réseau génétique permettent ici de tracer avec précision les voies d'infection du coronavirus : les mutations et les lignées virales permettent bien de faire la jonction entre les points entre les clusters de cas connus. L’étude montre ainsi que l'une des premières introductions du virus en Italie aurait pour source la première infection allemande documentée le 27 janvier, une autre voie d'infection précoce italienne serait liée à un cluster de cas à Singapour
Les auteurs suggèrent d’utiliser ces techniques phylogénétiques sur les tout derniers séquençages du génome du coronavirus pour prédire les futurs points chauds mondiaux de transmission de COVID-19. « Le réseau viral que nous avons identifié est un instantané des premiers stades de l’épidémie, avant que les voies évolutives de COVID-19 ne soient obscurcies par un grand nombre de mutations ». A ce jour, l'équipe de recherche a déjà étendu son analyse à 1.001 génomes viraux.
Dans l’attente donc de ces nouveaux résultats…
Source: PNAS April 8, 2020 DOI : 10.1073/pnas.2004999117 Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
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