Les données existantes provenant de coronavirus connus peuvent être utilisées pour prédire quelles parties du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2, associé à l’épidémie COVID-19, sont capables d'activer le système immunitaire humain. C’est le travail réalisé par cette équipe du La Jolla Institute for Immunology qui vient ainsi d’identifier des cibles possibles d’une réponse immunitaire au nouveau coronavirus : ces informations essentielles pour la conception du vaccin et l'évaluation des candidats vaccins actuellement en cours de développement, sont publiées dans la revue Cell Host & Microbe.
En l'espace de 2 mois, le SRAS-CoV-2, un coronavirus jusque-là inconnu, a fait le tour du monde, infectant à ce jour plus de 145.000 personnes dans le monde et entrainant 5.500 décès. Sa propagation, maintenant contenue en Chine avec environ 80.000 cas confirmés, se poursuit rapidement ailleurs dans le monde et en particulier en Europe. Au-delà des mesures barrières mises en œuvre pour tenter de contenir le virus, des équipes de recherches travaillent à l’élaboration de candidats vaccins. C’est le cas de cette équipe californienne qui cherche, à partir des données disponibles à ce jour, à comprendre comment le système immunitaire réagit au virus.
« Jusque-là, nous avions peu d'informations sur les éléments du virus qui provoquent une réponse humaine solide »
Il s’agit de la première analyse des cibles possibles d’une réponse immunitaire efficace contre le nouveau coronavirus. L’équipe, dirigée par Alessandro Sette, professeur au Center for Infectious Disease and Vaccine Research fde La Jolla, utilise ici les données existantes de coronavirus connus pour prédire quelles parties du virus SRAS-CoV-2 sont capables d'activer le système immunitaire humain. Lorsque le système immunitaire rencontre une bactérie ou un virus, il met à zéro de minuscules caractéristiques moléculaires, appelées épitopes, qui permettent aux cellules du système immunitaire de distinguer les envahisseurs étrangers et de concentrer leur attaque. Il est donc essentiel d’obtenir une carte complète des épitopes du virus et de leur immunogénicité pour concevoir un vaccin contre COVID-19, la pneumonie causée par le SRAS-CoV-2.
Connaître l'immunogénicité de certaines régions virales : en d'autres termes, quelles sont les parties du virus auxquelles le système immunitaire réagit et avec quelle force est nécessaire pour la conception de candidats vaccins prometteurs et leur évaluation. Bien que les scientifiques connaissent actuellement très peu la réponse du système immunitaire humain au SRAS-CoV-2, la réponse immunitaire aux autres coronavirus a été bien étudiée et une quantité importante de données sur les épitopes est disponible.
S’inspirer à nouveau des autres coronavirus : 4 autres coronavirus circulent actuellement. Ces coronavirus provoquent généralement des symptômes bénins et, ensemble, ils sont responsables d'environ un quart de tous les rhumes saisonniers. Mais, certaines années, un nouveau coronavirus émerge qui provoque une maladie grave : ce fut le cas avec le SRAS-CoV en 2003 et le MERS-CoV en 2008, et maintenant le SARS-CoV-2. Or, le SARS-CoV-2 est étroitement lié au SARS-CoV, qui se trouve également être le coronavirus le mieux caractérisé en termes d'épitopes.
L’analyse de 600.000 épitopes connus : en analysant les données disponibles d’une base de données (IEDB), qui contient plus de 600.000 épitopes connus de quelque 3.600 virus différents, et la Virus Pathogen Resource (ViPR), un référentiel complémentaire d'informations sur les virus pathogènes, l’équipe a pu sélectionner des épitopes connus du SARS-CoV et cartographier les régions correspondantes du SARS-CoV-2. Les chercheurs identifient finalement 10 et 12 épitopes permettant respectivement aux cellules B et T de se lier au nouveau coronavirus sur la base de similitudes de séquences avec SARS-CoV.
« Le fait que nous constatons que de nombreux épitopes de cellules B et T sont hautement conservés entre SARS-CoV et SARS-CoV-2 offre un excellent point de départ pour le développement de vaccins. Les stratégies vaccinales qui ciblent spécifiquement ces régions pourraient générer une immunité non seulement croisée mais également relativement résistante à l'évolution continue du virus ».
Source: Cell Host & Microbe pre-proof 14 March, 2020 DOI: 10.1016/j.chom.2020.03.002 1 A sequence homology and bioinformatic approach can predictcandidate targets for immune responses to SARS-CoV-2 (Schéma Grifoni et al./Cell Host & Microbe)
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Équipe de rédaction Santélog Mar 14, 2020Rédaction Santé log
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