« Le virus évolue constamment depuis le début de l'épidémie », explique, en substance cette équipe de virologues chinois de l'Université de Pékin et de l'Institut Pasteur de Shanghai qui a séquencé 103 souches du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2, responsable de l'épidémie de pneumonie nommée COVID-19. L'équipe qui s’est concentrée sur les divergences moléculaires entre ces différentes souches, révèle 2 types différents et principaux du virus en circulation. Environ 30% des cas confirmés seraient liés à la souche « de départ » « S » moins agressive, tandis que les 70% des cas seraient liés à une souche devenue plus virulente « L », sous la pression de l’Homme. Ces travaux, présentés dans le National Science Review, la revue de l'Académie chinoise des Sciences, précisent ces différences génomiques et les attribuent à des mutations ou des recombinaisons.
Ainsi, selon cette analyse génomique de 103 souches du SRAS-CoV-2, il y aurait actuellement 2 types de coronavirus SARS-CoV-2 en circulation, le type « ancestral » « S », circulant au début de l'épidémie à Wuhan mais dont la circulation aurait diminué depuis début janvier et un type probablement plus agressif, « L ». Le virus aurait ainsi évolué en 2 types bien définis par 2 SNPs (polymorphisme d'un seul nucléotide) différents qui montrent une liaison presque complète entre les souches virales séquencées à ce jour.
Il reste difficile de savoir si le type L a évolué à partir du type S chez l'Homme ou en « passant » par des hôtes intermédiaires.
Cependant, l'interférence du virus avec l’Homme et l’intervention humaine auraient joué un rôle certain dans l'abondance respective des types S et L. L'intervention humaine pourrait avoir exercé une pression sélective plus sévère sur le type L, qui pourrait être devenu plus virulent et plus contagieux. Cette hypothèse semble confirmée par les analyses génomiques : les chercheurs écrivent qu’en synthèse, leurs analyses « suggèrent que le type L est plus agressif que le type S et que l'interférence du virus avec l'Homme pourrait avoir joué sur l'abondance relative des types L et S depuis le début de l'épidémie« , en décembre dernier.
Les auteurs précisent que les données examinées sont encore très limitées et que d’autres analyses portant sur des ensembles de données plus importants sont nécessaires pour mieux comprendre l'évolution et l'épidémiologie de l’épidémie COVID-19 associée au SRAS-CoV-2.
Au 4 mars 2020, le GISAID déclare ainsi près de 95.000 cas et plus de 3.200 décès.
Source: National Science Review 03 March 2020 DOI :10.1093/nsr/nwaa036 On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2
Plus sur Covid-19
Lire aussi : COVID-19 : Est-ce qu’une seconde vague reste à venir ?
Équipe de rédaction Santélog Mar 4, 2020Rédaction Santé log