Elle achève sa thèse en 1907 et travaille bénévolement à l'Institut de Mathématiques d'Erlangen pendant sept ans. En 1915, elle est invitée par David Hilbert et Felix Klein (excusez du peu) à rejoindre le très renommé département de mathématiques de l'université de Göttingen. Mais la faculté de philosophie refuse qu'une femme soit nommée professeur. Pendant quatre ans elle donne des cours sous le nom de Hilbert. Son habilitation est obtenue en 1919.
Pour ses travaux en physique, elle aurait dû figurer avec Marie Curie sur la fameuse photo de classe du congrès de Solvay en 1927 et ses 17 prix Nobel. Mais elle était sans doute trop modeste, on ne l'a pas invitée.
Albert Einstein dira d’elle qu'elle était « le génie mathématique créatif le plus considérable produit depuis que les femmes ont eu accès aux études supérieures ». En fait elle était un génie au delà de son genre, toute catégories confondues. Elle va révolutionner les théories des anneaux, des corps et des algèbres. En physique, le théorème de Noether explique le lien fondamental entre la symétrie et les lois de conservation et est considéré comme aussi important que la théorie de la relativité.
Emmy Noether est alors un des membres les plus influents du département de mathématiques de Göttingen jusqu'en 1933. Avant même son intervention au congrès international des mathématiciens de Zurich (1932), sa connaissance de l'algèbre est reconnue dans le monde entier. L'année suivante, le gouvernement nazi exclut les Juifs qui occupent des postes universitaires et Noether émigre alors aux États-Unis où elle obtient un poste au Bryn Mawr College et mourra bientôt.
Bien que le théorème de Noether ait un profond effet sur la physique, elle est plus connue parmi les mathématiciens pour ses contributions fondatrices en algèbre générale. Nathan Jacobson (1910-1999) affirme :
« Le développement de l'algèbre abstraite, qui est l'une des innovations les plus caractéristiques des mathématiques du vingtième siècle, lui est largement redevable, par les articles qu'elle a publiés, par ses conférences et son influence personnelle sur ses contemporains. »
Ses collègues diront que ses travaux étaient révolutionnaires que l'originalité de Noether était absolue, au-delà de toute comparaison. Emmy ne recherche pas la reconnaissance. Elle laisse parfois à ses collègues et étudiants le crédit pour ses propres idées, les aidant ainsi à développer leur carrière à ses dépens.