Lors de la saison 2005-2006, elle fait ses premières apparitions en Coupe du monde. Mais c'est dès sa deuxième année que " Magda " fait parler d'elle et remporte ses premières courses individuelles. Ainsi, lors des championnats du monde d'Antholz, à seulement 19 ans, elle s'impose en sprint, poursuite et relais. Ses succès, aussi inattendus qu'incroyables, lui permettent de sortir du simple cadre du biathlon. Ainsi, la Fédération Allemande de Ski lui décerne le " Goldener Ski ", le prix de la meilleure athlète nationale, hommes et femmes confondus. Mieux, les journalistes de sport allemands la nomment athlète féminine de l'année.
Dès l'année suivante, Neuner remporte en tout logique le classement général de la Coupe du monde et devient la plus jeune biathlète à gagner le gros Globe de Cristal depuis la création de l'International Biathlon Union. Si elle perd ses titres en sprint et poursuite lors des Mondiaux d'Östersund, elle s'impose lors de l'épreuve de la Mass-Start mais aussi en relais et relais-mixte. Ainsi, elle devient la plus jeune athlète à gagner six titres. Du coup, elle reçoit le " Goldener Ski " pour la deuxième fois.
Si 2008-2009 ne restera pas dans les annales pour Neuner du fait de nombreuses blessures, elle fera une année 2010 exceptionnelle. Si elle remporte un deuxième gros Globe de cristal, elle est surtout double championne olympique à Vancouver sur la Poursuite et la Mass-Start et remporte une médaille d'argent sur le sprint. En 2011 et 2012, Magdalena remportera encore 4 médailles d'or mondiales et un gros Globe de cristal.
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