On sait que l’exposition aux antibiotiques élimine une partie du microbiote intestinal avec le risque de perte de bactéries bénéfiques à vie, après de multiples expositions. Cette étude de l’Université de Copenhague est plus optimiste, sans toutefois remettre en question l’usage rigoureux des antibiotiques. Cependant, ses conclusions, présentées dans la revue Nature Biology suggèrent que la composition des bactéries intestinales se rétablit presque tout à fait, après les antibiotiques.
Les chercheurs de Copenhague rappellent que les milliards de bactéries présentes dans l'intestin affectent notre santé de multiples façons, notamment les fonctions immunitaires et le métabolisme. On considère aujourd’hui qu'un microbiote intestinal riche et diversifié favorise la santé en fournissant à l'hôte humain de nombreuses compétences pour prévenir les maladies chroniques. En revanche, une faible diversité de l'écosystème intestinal est plutôt associée à des maladies chroniques telles que l'obésité, le diabète, l'asthme et les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI).
Le microbiote met environ 6 mois à « récupérer » globalement : les antibiotiques sont cause de destruction bactérienne et pour cette raison on a toujours plus ou moins supposé que l’utilisation répétée d’antibiotiques obère la diversité bactérienne et prive le microbiote de bonnes bactéries, avec des effets néfastes sur la santé. Cette équipe internationale montre ici que, lorsque 3 antibiotiques sont administrés à des jeunes hommes en bonne santé pendant 4 jours, l'éradication des bactéries intestinales est presque complète, mais elle est suivie d'un rétablissement progressif de la plupart des espèces bactériennes. Ce rétablissement du microbiote diversifié s’effectue sur une durée de 6 mois environ.
Mais quelques bonnes bactéries manquent encore à l’appel : Après six mois, cependant, il manque encore aux participants 9 de leurs espèces bactériennes bénéfiques et quelques nouvelles bactéries, indésirables, ont colonisé l’intestin… Ainsi, si le microbiote intestinal d’humains en bonne santé est résilient face aux antibiotiques et capable de récupérer après une exposition à court terme – et ici à 3 antibiotiques différent- il reste quelques séquelles de cette exposition sur la diversité de l'écosystème bactérien intestinal.
Une nouvelle fois, les antibiotiques ne doivent être utilisés que sur la base de preuves évidentes d’une cause bactérienne de l’infection. Si nous sommes capables de régénérer presque totalement notre microbiote intestinal, il existe donc, à la lumière de ces données, un risque de perte permanente de bactéries bénéfiques après de multiples expositions d'antibiotiques au cours de la vie.
Source: Nature Microbiology 22 October 2018 Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure
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