En cinq ans près de 15 millions de personnes (80% de la population) ont ainsi succombé à une épidémie que les habitants ont appelé "cocoliztli". Le mot signifie peste en nahuatl, la langue aztèque.
La cause de cette maladie est restée obscure pendant presque 500 ans.
Récemment, des scientifiques ont éliminé la variole, la rougeole, les oreillons et la grippe comme suspects probables, identifiant une «fièvre entérique» ressemblant à la typhoïde pour laquelle ils ont trouvé des traces d'ADN sur les dents de victimes mortes depuis longtemps.
"Le cocoliztli de 1545-1550 est l'une des nombreuses épidémies qui ont touché le Mexique après l'arrivée des européens, mais elle a été la seconde parmi les trois épidémies qui ont été les plus dévastatrices et qui ont conduit au plus grand nombre de pertes humaines" rapporte Åshild Vågene de l'Université de Tübingen en Allemagne, "la raison de cette épidémie est débattue depuis près d'un siècle par les historiens, et aujourd'hui nous sommes en mesure de fournir des preuves directes grâce à l'utilisation de l'ADN ancien pour contribuer à cette question historique."
Vågene est co-auteur d'une étude publiée dans la revue Nature Ecology and Evolution: Salmonella enterica genomes from victims of a major sixteenth-century epidemic in Mexico.
L'épidémie est considérée comme l'une des plus meurtrières de l'histoire de l'humanité, approchant celle de la Peste Noire qui a tué 25 millions de personnes en Europe de l'Ouest au 14ème siècle, soit environ la moitié de la population d'alors.
Les colons européens ont répandu la maladie alors qu'ils s'aventuraient dans le nouveau monde, apportant des germes que les populations locales n'avaient jamais rencontrées et contre lesquelles elles manquaient d'immunité.
La peste cocoliztli de 1545 dans ce qui est aujourd'hui le Mexique et une partie du Guatemala est survenue juste deux décennies après une épidémie de variole qui a tué environ 5 à 8 millions de personnes juste après l'arrivée des espagnols. Une seconde épidémie, entre 1576 et 1578, a anéantie la moitié restante de la population.
"Dans les cités et grandes villes, de grands fossés ont été creusés, et du matin au soir, les prêtres ne faisaient que transporter les cadavres pour les jeter dans ces fossés", c'est ce que raconte l'historien franciscain Fray Juan de Torquemada. Et, même à l'époque, les médecins ont déclaré que les symptômes ne correspondaient pas à ceux de maladies mieux connues comme la rougeole et le paludisme.
Aujourd'hui, les scientifiques pensent avoir démasqué le coupable.
En analysant de l'ADN provenant de 29 squelette inhumés dans un cimetière de cocoliztli, ils ont trouvé des traces de la bactérie salmonella enterica de la variété Paratyphi C. Elle est connue pour causer de la fièvre entérique, dont la typhoïde est un exemple.
Le sous-type mexicain provoque rarement une infection humaine aujourd'hui.
De nombreuses souches de salmonelles se sont propagées par de la nourriture ou de l'eau contaminée, et ont pu voyager avec des animaux domestiqués apportés par les espagnols. Salmonella enterica était présente en Europe au Moyen Âge.
"Nous avons testé tous les pathogènes bactériens et les virus à ADN pour lesquels des données génomiques sont disponibles" et la salmonella enterica a été le seul germe détecté rapporte le co-auteur Alexander Herbig.
Il est possible, cependant, que certains pathogènes étaient indétectables ou complètement inconnus. "Nous ne pouvons dire avec certitude que salmonella enterica a été la cause de l'épidémie de cocoliztli" ajoute le membre de l'équipe Kirsten Bos, "nous estimons qu'elle devrait être considérée comme une candidate très probable".
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