En 1989, Reporterre est le premier magazine sur l'écologie à paraître depuis La Gueule ouverte et Le Sauvage. Sa parution témoigne du réveil de l'écologie en France. Lancé par une équipe animée par Hervé Kempf , le titre vend en moyenne 26 000 exemplaires par mois. Il a compté jusqu'à 4 400 abonnés payants. Mais l'insuffisance des moyens financiers l'oblige à s'arrêter.
En 2007, Reporterre est relancé par Hervé Kempf sur internet , afin " d'informer sur les liens entre la crise écologique, les injustices sociales et les menaces sur les libertés." D'abord modeste, le site se développe petit à petit, en commençant à publier des enquêtes ou des entretiens exclusifs. Une maquette plus moderne est mise en place en janvier 2008, à l'occasion de l'adaptation du site au logiciel libre SPIP (Système de publication pour l'Internet). Le site a pris son essor quand Hervé Kempf a quitté le journal Le Monde, en septembre 2013, et s'est consacré totalement au " quotidien de l'écologie ". En mars 2015 est lancée la maquette actuelle du site .
Dans un entretien pour Ballast, Hervé Kempf détaille la ligne éditoriale du site, et l'articulation entre journalisme et engagement politique : " Nous avons une ligne rédactionnelle très claire, qui est inscrite sur le site : nous considérons que la question écologique est la question historique et politique principale de ce début de XXIe siècle. C'est une grille de lecture visible, assumée, et à partir de laquelle nous faisons notre travail de journaliste. Nous sommes aussi engagés, et j'allais même dire moins, que des journaux comme The Economist, Les Échos, Le Figaro ou Le Monde, qui défendent explicitement, à des degrés divers, une ligne néolibérale et affirment la primauté de l'économie comme mode principal de l'activité sociale. [...] À partir de ça, nous menons une bagarre contre la vision du monde dirigée par l'économie, pour faire simple. Comme elle est dominante en ce moment, elle prétend refléter la réalité, alors que ce n'est que la vision du pouvoir. Nous affirmons autre chose, mais évidemment, comme nous sommes beaucoup plus petits, les dominants voudraient nous faire passer pour engagé ou militant ."
Le site traite principalement des sujets suivants : Grands travaux inutiles
Agriculture et alimentation
Habitat écologique
Pratiques sociales et environnementales portées par le secteur de l'économie sociale et solidaire
Traités de libre-échange CETA et TAFTA
Mouvements de lutte zadistes contre l'aéroport Notre-Dame-des-Landes et le Laboratoire de Bure
Une des premières enquêtes de Reporterre a été une série d'articles écrits par Fabrice Nicolino sur la ferme-usine des Mille vaches en janvier 2014 5. On lui doit aussi, en octobre 2014, la révélation sur les circonstances de la mort de l'écologiste Rémi Fraisse, tué à Sivens, par la grenade d'un gendarme . On note également, en janvier 2015, la publication d'un témoignage exclusif sur l'enfance des frères Kouachi , en février 2015 une enquête sur le groupe Avril-Sofiproteol, dirigé par Xavier Beulin, par ailleurs président de la FNSEA, et en septembre 2015, des révélations sur la falsification par Renault des valeurs d'émissions de ses moteurs diesel .
Au printemps 2016, Reporterre s'est particulièrement investi dans le suivi du mouvement Nuit debout et a rédigé avec ses correspondants à Nantes, Rennes, Toulouse et Paris, un Rapport d'information sur les actions de maintien de l'ordre menées depuis le début des manifestations d'opposition à la loi sur le travail en février 2016 11. Ce rapport a servi de support à une conférence de presse tenue le 29 juin 2016 à l'Assemblée nationale à l'initiative des députés Noël Mamère et Pouria Amirshahi . En juillet, le site a publié une enquête assurant révéler des éléments inédits sur la mort de Rémi Fraisse à Sivens et sur la responsabilité du gouvernement .
Depuis octobre 2015, Reporterre assure en partenariat avec l'émission " La Tête au carré " animée par Mathieu Vidard sur France Inter, une chronique sur la science de l'environnement.
En janvier 2017, Reporterre annonce environ 15 000 visiteurs uniques quotidiens, sur la base des relevés de Google Analytics. Le site est classé au 2 875e rang des sites français par Alexa.
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