Madalyn épouse John Henry Roths quand elle a 22 ans. Mais lorsque ils en ont autour de 26, les deux s'enrôlent pour servir dans l'armée et se battre dans la seconde guerre mondiale. Lui, dans les Marines, elle dans la Women's Army Corps. Le couple se sépare tout juste avant de quitter pour le front.
Alors qu'elle travaille comme caligraphe en Italie, elle commence une liaison avec le soldat William Murray Jr.. Elle divorce Roths, et prend le nom de Murray, même si ce dernier refuse de quitter sa propre femme. Ils auront un fils ensemble.
La cause fait beaucoup de bruit dans les États-Unis religieux, et se rend en cour suprême. Murray gagne sa cause à 8 contre 1 en 1963. L'école n'a pas le droit d'imposer la bible en classe.
Elle gagne sa cause, mais la majorité des gens des États-Démunis la trouve fort déplaisante.
Elle apparaît régulièrement à la télé afin de discuter, mais surtout débattre, de son athéisme.
Elle devient vite une femme détestée. On la surnomme la femme la plus haïe des États-Unis.
Sa famille reçoit des menaces de mort, plus nombreuses encore quand elle fonde les American Atheist, un mouvement important et nécessaire dans ce pays déséquilibré. Elle sera le visage et la voix de l'athéisme des années 60 et 70, aux États-Unis.
Elle est régulièrement agressée, sa maison ciblée par toute sorte d'objets, on lui envoie des selles dans des colis, des photos de sa famille qui paraissent trempées dans le sang, on a même égorgé le bébé chat de son plus jeune fils. La folie religieuse ne connaît aucune limite.
Elle aura son émission de radio parlant d'athéisme et un show télé qui sera retransmis sur 140 chaines des différents États des États-Unis.
Elle sera encore une personnalité très présente dans les années 80, devenant même la rédactrice de discours de l'aspirant président Larry Flint, propriétaire/fondateur de la revue pornographique Hustler, en 1984. En 1976, elle avait aussi appuyé ouvertement Jimmy Carter quand celui-ci s'était positionné contre la religion imposée à l'école.
Son plus vieux fils devient chrétien et elle le désavoue dans ce qu'elle appellera un affront absolu et un avortement postnatal de sa part face à lui.
Le 27 août 1995, Madalyn, son fils et sa petite fille, disparaissent. Sur la porte du bureau des American Atheist est une note disant que les "O'Hair's ont dû quitter précipitamment pour une urgence familiale. Mais tout ce qui traîne dans la cuisine (les médicaments de Madalyn, les repas non terminés, le désordre) laisse croire à un kidnapping.
Waters et un complice seront arrêté et les O'Hair ne seront jamais retrouvés. Le complice confirme qu'ils ont tous les trois été assassinés.
Hier, il y a 22 ans.
Waters meurt du cancer du poumon en prison en 2003.
Netflix raconte l'histoire de Madalyn Murray O'Hair dans The most hated woman in America.
Le documentaire de 2006, Godless in America, fait de même.