Il s'agit de la première démonstration de la persistance des bactéries du donneurs chez le receveur après une transplantation fécale. Cette équipe de l'Université d'Alabama à Birmingham (UAB) évalue ici de quelques mois à 2 ans, la durée de persistance des bactéries bénéfiques qui vont protéger contre la diarrhée et la colite causées par les infections récurrentes à Clostridium difficile. Une estimation rendue possible grâce à une nouvelle méthode d'empreinte digitale des souches bactériennes.
Pratiquée depuis peu dans le traitement des infections récidivantes de l'intestin à Clostridium difficile chez des patients immunodéprimés, conserve ses zones d'ombre et doit encore préciser ses limites cliniques. Cependant, les bénéfices de la transplantation du microbiote fécal qui consiste en l'introduction, par coloscopie, endoscopie, sigmoïdoscopie ou lavement, des selles fraiches d'un donneur sain dans le tube digestif d'un receveur souffrant d'une infection intestinale avec la bactérie Clostridium difficile, commencent à être déjà bien documentés. En particulier pour éliminer C. difficile, une bactérie qui provoque une inflammation du côlon et entraîne des diarrhées récurrentes qui durent des mois voire des années, et cela jusqu'au décès (30.000 décès chaque année aux Etats-Unis). Le principe de la transplantation est de restaurer la flore microbienne déficiente dans l'intestin. La pratique est déjà courante dans certains pays, dont la France et permet, dans 90% des cas, la récupération complète de la fonction intestinale, cela en reconstituant les bonnes communautés bactériennes dans le microbiome. Cependant, le frein évident, pour les patients, est dans la forme du microbiote transplanté.
L'équipe de l'UAB montre ici chez 2 patients transplantés que certaines souches de donneurs persistent jusqu'à 2 ans après la transplantation et chez 5 autres patients une persistance de 3 à 6 mois. C'est déjà une indication précieuse de l'effet prolongé mais pas définitif de la transplantation fécale.
le second enseignement de l'étude repose sur la méthode utilisée pour évaluer cette persistance : les chercheurs utilisent ici une technique de détection des variations de nucléotides dans les génomes microbiens, en combinaison avec un algorithme. C'est en fait une " empreinte digitale personnalisée du microbiome " qui est ainsi obtenue, expliquent les auteurs. Cette nouvelle méthode peut aider à expliquer pourquoi la transplantation vient à bout des infections récurrentes à C. difficile dans 90% des cas. Elle peut également détecter les changements dans le microbiote intestinal qui peuvent annoncer des maladies métaboliques comme le diabète ou l'obésité, ou intestinales bien sûr comme la colite ulcéreuse mais également ... Suivre l'évolution du microbiome via son empreinte digitale : la maladie de Parkinson .
, précisant non seulement les genres ou les espèces, mais précise aussi jusqu'au niveau de la souche, voilà ce que permet cette nouvelle méthode. Une technique qui va prochainement permettre de détecter et évaluer toute perturbation de la structure du microbiote intestinal et de prédire ainsi ses incidences sur la santé globale de l'hôte. Une empreinte digitale du microbiome qui " Une détection haute résolution des bactéries du microbiome intestinal constituera la pierre angulaire d'une approche de médecine personnalisée pour améliorer la santé humaine via un système d'alerte précoce " , concluent les chercheurs.
npj Biofilms and Microbiomes 07 June 2017 doi:10.1038/s41522-017-0020-7 Identification of donor microbe species that colonize and persist long term in the recipient after fecal transplant for recurrent Clostridium difficile
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