Pour l'acquisition du numéro : l'auto-entrepreneur doit s'adresser au service des impôts des entreprises (SIE) dont son auto-entreprise dépend. Une pièce justificative, est impérative pour valider chaque étape de la procédure. Si le montant des achats ou importations de l'auto entrepreneur excède les 10 000 euros, il doit demander un numéro individuel d'identification à la TVA au Service des Impôts des Entreprises (SIE), car dans ce cas, les fournisseurs ne factureront plus de TVA.
Il revient alors à la charge de l'auto entrepreneur de remplir une déclaration intracommunautaire et reverser à l'administration fiscale française la TVA due, au taux mis en vigueur en France. Également, depuis le 1er janvier 2010, un numéro de TVA doit être fourni par l' auto-entrepreneur qui achète des prestations de services intracommunautaires. Si l’auto entrepreneur souhaite valider ou vérifier un numéro de tva d’un ou plusieurs de ses partenaires commerciaux. Il existe alors divers services pour le faire rapidement. Tout d’abord le service public VIES qui permet d’effectuer la procédure gratuitement. II y a aussi le service privé numerotva.fr pour trouver un numéro de tva intracommunautaire facilement et surtout rapidement. Les professionnels, tels que les auto-entrepreneurs, en franchise en base de TVA doivent facturer leurs prestations ou leurs ventes en hors taxe. Chaque facture doit contenir la mention « TVA non applicable - article 293 B du CGI ». Cela démontre que la TVA auto entrepreneur ne peut pas être réduite des achats de biens et de services effectués pour les besoins de leur activité. Ils peuvent y renoncer en optant pour le paiement de la TVA.