Marguerite est la cinquième enfant de Claude Alacoque et de Philiberte Lamyn, qui jouissaient d'une bonne position sociale. Dès sa première enfance, Marguerite fit preuve d'une dévotion particulière envers le Saint-Sacrement et elle préférait le silence et la prière aux jeux des enfants. À cinq ans, lors d'un séjour chez sa marraine, dont la fille était religieuse, elle entendit parler des vœux religieux, et fit, à l'insu de tous, sa première consécration à la messe où elle prononça ces mots : " Ô mon Dieu, je vous consacre ma pureté et vous fais vœu de perpétuelle chasteté ". Après sa première communion, à l'âge de neuf ans, elle pratiqua en secret des mortifications sévères de son corps, avant que la paralysie ne la cloue au lit pendant quatre ans.
A la fin de cette période, ayant fait le vœu à la Vierge de se consacrer à la vie religieuse, elle se serait retrouvée guérie sur-le-champ. Par reconnaissance, elle ajouta, le jour de sa confirmation, le nom de Marie à son nom de baptême. Devenue orpheline de père, elle fut recueillie avec sa mère chez des parents qui les tourmentaient, leur ôtant tout contrôle de leurs biens et de leurs actes. Marguerite trouva alors son réconfort dans la prière, et c'est alors qu'elle aurait eu ses premières visions de Jésus-Christ. Il lui apparaissait d'habitude sur la croix ou lors de l'épisode de l' Ecce Homo et elle ne s'en étonnait pas, pensant que d'autres recevaient aussi ces visons.
Elle visita plusieurs couvents, et en entrant dans celui de la Visitation de Paray-le-Monial, une voix intérieure lui aurait dit : " C'est ici que je te veux ". Le 25 mai, 1671, elle entra au monastère et en novembre 1672, elle prononça ses vœux perpétuels. De santé fragile, elle n'en continuait pas moins ses flagellations, ainsi que les macérations les plus extrêmes tandis que le Christ continuait de lui apparaître.
La plus célèbre de ces apparitions est celle de Juin 1675. Jésus lui aurait alors montré son cœur en disant : " Voilà ce Cœur qui a tant aimé les hommes, [...] jusqu'à s'épuiser et se consommer pour leur témoigner son amour, et pour reconnaissance je ne reçois de la plupart que des ingratitudes... ". Une autre fois, il lui aurait dit : " Mon divin Cœur est [...] passionné d'amour pour les hommes, et pour toi en particulier ". Dès lors, Marie a été investie de la mission d'établir une dévotion particulière envers son SACRE-CŒUR.
Ces manifestations lui valurent d'être mal vue par le reste de la communauté, qui la traitait de "visionnaire", à ce point que sa supérieure lui intima l'ordre de se plier à la vie commune. Cependant son obéissance, son humilité et sa charité envers ceux qui la persécutaient finirent enfin par l'emporter et sa mission vint à être reconnue par ceux-là même qui lui avaient montré la plus cruelle opposition. Avec l'aide du Père Claude La Colombière, que Jésus lui aurait présenté comme son " vrai et parfait ami ", Marguerite-Marie fera connaître le message que Jésus lui avait adressé. C'est le début du culte du Sacré-Cœur. Inspirée par le Christ, Marguerite Marie établit la pratique de l'Heure Sainte qui consistait à prier, étendue par terre, le visage contre le sol depuis onze heures du soir jusqu'à minuit le premier jeudi de chaque mois, afin de partager la tristesse mortelle qu'Il avait supportée, quand il fut abandonné par Ses Apôtres dans Son Agonie, et à recevoir le lendemain la Communion. Il choisit pour fête du Sacré-Cœur le vendredi qui suit l'octave de la fête du Corps du Christ; il appela la sainte " disciple bien-aimée du Cœur Sacré " et héritière de tous Ses trésors. Au cours de sa dernière maladie elle refusa tout soulagement, ne cessant de répéter : " Ce que j'ai dans le ciel et ce que je désire sur la terre, c'est toi seul, ô mon Dieu " et elle mourut en prononçant le nom de Jésus.
"Voilà ce Cœur qui a tant aimé les hommes qu'il n'a rien épargné, jusqu'à s'épuiser et se consumer pour leur témoigner son amour; et pour reconnaissance, je ne reçois de la plus grande partie que des ingratitudes, par les mépris, irrévérences, sacrilèges et froideurs qu'ils ont pour moi dans ce Sacrement d'amour. Mais, ce qui est encore plus rebutant, c'est que ce sont des coeurs qui me sont consacrés. C'est pour cela que je te demande que le premier vendredi d'après l'octave du Saint Sacrement soit dédié à une fête particulière pour honorer mon Cœur, en lui faisant réparation d'honneur par une amende honorable, communiant ce jour-là pour réparer les indignités qu'il a reçues pendant le temps qu'il a été exposé sur les autels ; et je te promets que mon Cœur se dilatera pour répandre avec abondance les influences de son divin amour sur ceux qui lui rendront cet honneur."
En 1688, au cours d'une apparition à sainte Marguerite-Marie, Notre-Seigneur Jésus-Christ daigna lui adresser ces paroles :
" Je te promets, dans l'excessive miséricorde de mon Cœur, que son amour tout-puissant accordera à tous ceux qui communieront les premiers vendredis du mois, neuf mois de suite, la grâce de la pénitence finale, qu'ils ne mourront point dans ma disgrâce ni sans recevoir leurs sacrements, et que mon divin Cœur se rendra leur asile assuré aux derniers moments ".
Par l'insertion intégrale de cette promesse dans la Bulle de canonisation de sainte Marguerite-Marie (Acta Apostolicæ Sedis 1920, p. 503), en date du 13 mai 1920, le Pape Benoît XV a encouragé la pratique des communions réparatrices des neuf premiers vendredis du mois, en l'honneur du Sacré-Cœur.
12. Je te promets, dans l'excès de la miséricorde de mon Cœur, que son amour tout-puissant accordera à tous ceux qui communieront les premiers vendredis du mois, neuf fois de suite, la grâce de la pénitence finale, qu'ils ne mourront point dans ma disgrâce, ni sans recevoir leurs Sacrements, et que mon divin Cœur se rendra leur asile assuré à cette dernière heure.