e-santé - newsletter n° 12 - août 2016

La France lance (enfin !) son "plan génomique"

Oui mais, à la Française...

Je m'y attendais, malgré la réticence quasi-religieuse des Français et de leurs élites sur ces choses qui touchent, dans notre inconscient collectif, aux mystères de la vie. Et comme vous le savez, nous sommes un peuple éthiquement correct, avec en plus, un principe de précaution inscrit dans notre Constitution (et ex-fille aînée de l'Eglise).

A force de bombarder le compte twitter de Madame la Ministre Marisol Touraine, et autres huiles 1.0 (j'ai la prétention de penser que j'y suis un peu pour quelque chose - merci de me laisser mes illusions -), la France lance enfin son "Plan génomique 2025". Plan annoncé donc le 22 juin dernier par Madame Touraine. Notre pays rejoint ainsi après le décalage habituel, la Chine, le Royaume Uni, les USA, l'Islande, l'Estonie.. etc.. Il est vrai qu'on ne pouvait faire autrement, car sans cela : risque de disruption de notre système de santé. Les Français, notamment ceux de nos prochaines générations, iront voir ailleurs... (le mode prédictif va le permettre : voir plus loin).

Le document "Plan génomique 2025" a été remis au 1er Ministre... Reste à savoir si..  Car entre dire et faire, il y a souvent chez nous des décalages, surtout en matière de numérique. Cf notre Dossier Médical Personnalisé, lancé en 2004 et toujours plus ou moins au point mort, après quelques centaines de millions d'€ d'argent public dépensés. Car cette génomique EST par essence de la data, donc du numérique. Et nos élites et le numérique ne font pas bon ménage.

Pourquoi est-ce important ?

Le séquençage, autrement dit l’analyse complète des 20 à 23.000 gènes environ qui composent notre ADN (notre "operating system"), permet notamment de déterminer les risques de développer certaines maladies (donc de faire du prédictif), d’anticiper les réactions à certains médicaments (donc pour les malades, de faire de la "precision medecine", et pas de la médecine "brute", où l'on applique le même remède à tout un chacun). Et de dresser, pourquoi pas, le tableau des multiples caractéristiques physiques et probablement autres, d'un Etre Humain. Je rappelle néanmoins "que selon l’article 16-10 du Code civil, outre les dispositions contenues dans le Code de la santé publique, seuls des praticiens agréés par l’Agence de biomédecine peuvent procéder à l’étude génétique des caractéristiques d’une personne, sous réserve de poursuivre des fins médicales ou de recherche scientifique. Le diagnostic génétique n’est donc pratiqué que lorsqu’une maladie déjà soupçonnée est ciblée par le séquençage, notamment dans le cas de prédispositions aux cancers du sein héréditaires. Tout séquençage du génome au sens large, ne correspondant pas à l’objectif thérapeutique recherché, est proscrit (Cabinet Bensoussan).

Il vous est donc interdit à vous, simple Français, de prendre vous-mêmes la décision de faire faire votre séquençage. En France en tout cas, ce n'est pas possible.. Mais c'est très facile ailleurs, tout en restant chez vous.. Mais si l'on apprend que vous avez fait faire votre séquençage chez 23andme par exemple aux USA (j'estime qu'il y a déjà quelques centaines - voir milliers - de Français qui l'ont fait - donc des Français non éthiquement corrects ?), vous seriez passible d'une amende de 15.000 €, alors qu'a priori vous êtes propriétaire de votre génome. Mais on ne sait plus très bien si cette amende est toujours d'actualité : les choses devraient être clarifiées par notre aimable Gouvernement.

Plan de cette 12ème newsletter :  

1/ On dit que je suis devenu un spécialiste ?

2/ Une brève synthèse des 12 derniers mois au royaume émergeant de la e-santé. Quelques points forts.

3/ La première startup e-santé "licorne" est chinoise (startup valorisée à 1 milliard de $ ! au bout de quelques mois seulement !)

4/ Après la "precision medecine" du Président Obama, les Américains lancent dans la foulée leur "Moonshot cancer" et le "Cohort Program".

5/ Les Anglais continuent allègrement leur opération 100.000 génomes. Et en profitent pour initier leur population à la génomique.

6/ Brève analyse du Plan Français. Il copie en gros le plan anglais.. Mais à la Française.. Cela sera donc un tantinet compliqué..

La lecture de cette 12ème newsletter suppose que vous connaissiez un peu "l'operating system" de l'Etre Humain.. (voir mes précédentes newsletters sur ce sujet).

NB Et pour les nouveaux qui liraient cette newsletter... Suite à une rupture d'anévrisme poplité en 2009, qui n'a pas été pris avec la diligence voulue par le système de santé français (il m'a fallu 7 heures pour arriver dans un bloc opératoire vasculaire, en Ile de France, région la plus peuplée en Europe, et semble-t-il, la plus "médicalisée"!), j'ai été amputé de la jambe droite au-dessus du genou. Trop tard. Jambe nécrosée. A mon chirurgien, à qui je demandais les raisons selon lui, de l'apparition de cet anévrisme que personne n'avait décelé, il m'a répondu : "c'est probablement génétique". Rentré chez moi, je me suis intéressé à cette génétique que je ne connaissais pas, comme la plupart des Français. Et ce faisant, j'ai vu la démarrage de la e-santé vers 2011 aux USA. D'où cette newsletter. J'ai raconté ma virée/épopée dans le système de santé français sur Facebook : https://www.facebook.com/Celaauraitpuvousarrivercom-272746842785876/. Le Samu de Versailles qui a été déclaré négligeant, a été condamné.. Ce qui m'a pris 6 ans ! Car pas facile de traîner ces braves gens devant la Justice (dans mon cas, d'ailleurs, la loi Kouchner de 2002 a été bafouée 2 fois : une par un mandarin/expert, une par un énarque d'un office gouvernemental).

1/ Je suis donc devenu un spécialiste. Enfin certains le disent...

Ma dernière newsletter e-santé date de septembre dernier.

Un an ! Mais ne croyez surtout pas que je sois resté inactif pendant ces 12 mois. Bien au contraire ! J'observe toujours au jour le jour ce qui se passe dans le Monde dans ce domaine, O combien crucial pour la santé des Etres Humains. Et j'observe naturellement aussi ce qui se passe en France. Des choses dans le curatif traditionnel, quand en Juin dernier : coup de tonnerre dans le landernau médical : la France aborde les rivages de la génétique/génomique ! 

Avec la publication de mes newsletters (vous trouverez les 11 déjà publiées sur mon blog), il paraîtrait effectivement que je sois devenu un "spécialiste", alors que je ne suis ni médecin (et je ne tiens pas à le devenir), ni généticien (par contre, cela m'aurait intéressé). Certes, un sachant 1.0, qui gribouille de temps à autres sur mon wall Facebook, me fait souvent remarquer que je ne suis pas précis. Et donc que la profession de généticien/bio-informaticien n'est pas pour moi. Notre sachant 1.0, un tantinet arrogant sur les bords comme il sied à tout sachant 1.0 gaulois, n'est par contre pas très informé sur ce qui se passe dans d'autres contrées - ce qui est dommage, car j'ai toujours l'impression que l'élite française sait tout "ex nihilo". Et donc, ce qui se passe dans les autres villages planétaires, est quantité négligeable. Pas la peine de perdre son temps. Par ailleurs, j'ai l'impression que je fais un crime de lèse-majesté en m'intéressant à ces choses très compliquées, réservées à une élite de sachants. Mais passons.

Martin Hirsch patron de l'AP-HP (Assistance Publique - Hôpitaux de Paris) m'avait demandé de venir faire une petite conférence à ses troupes de mandarins il y a quelques mois. Arnaud Robinet, député Républicain et par ailleurs biologiste et Maire de Reims, m'a demandé de venir lui préciser ma position dans le détail sur cette e-santé (il ne savait pas qu'il avait déjà le Healthcare d'Apple dans son iPhone !). Je n'ai pas encore eu l'occasion de rencontrer un député/sénateur socialiste, lesquels ont probablement d'autres chats à fouetter. Mais comme je n'ai aucun ostracisme, à bon entendeur !.. La MGEN (ce lien sur MGEN donne accès à la vidéo qui a servi à un montage de 6 minutes, utilisé par la MGEN auprès de ses cadres) et d'autres mutuelles m'ont aussi demandé mon avis sur les objets Internet de santé, de nombreuses startups, ou groupes d'étudiants sont venus discuter avec moi sur ces thèmes (soit en visiophonie, soit en face à face traditionnel).. Frenchweb m'a demandé de venir exposer mes idées lors d'une conférence e-santé avec la Chef du service gynécologique de l'Hopital Américain de Neuilly : Me Amina Yamgnane (Amina n'y va pas avec le dos de la cuillère : elle pense que vers 2025 les médecins 1.0 vont se faire disrupter comme de vulgaires taxis). LA BPI/Bercy m'a demandé de les assister dans l'examen de quelques startups françaises de e-santé.

La revue Hospitalia a publié une interview de votre serviteur.

Dernier événement en date : les organisateurs du Devoxx qui se déroulait au Palais de Congrès de Paris en avril dernier m'ont demandé d'être leur keynote speaker sur ce thème de la e-santé.. 3.000 développeurs dans la salle. Je les ai fortement incité à s'intéresser à ces domaines, eux qui sont le sel de la Nation (ce sont eux le sel de la Nation, pas les énarques). Et par ailleurs, l'association Territoires et Santé m'a demandé de l'aider pour mettre sur pied une conférence e-santé à Bergerac en septembre prochain .. La France profonde se bouge dirait-on ?

(Et même très récemment le Crédit Agricole, AXA, etc.. mais chut, je ne vous ai rien dit).. 

Ah, j'oubliais, j'ai aussi rencontré Nicolas Sarkozy (le 1er avril dernier ! faut le faire : ce n'est pas moi qui ai fixé la date) pour évoquer le numérique en général et la e-santé en particulier.. Bon, il n'est pas informé : encéphalogramme numérique plat. Avoir un éventuel futur Président de la République - lui ou l'un des autres - qui ne connaît rien au numérique, voilà qui ne va pas aider le pays à entrer dans la civilisation du digital qui se répand un peu partout dans le Monde.

Enfin ! On fait du pinard, on a des énarques, et quelques élus corrompus. On ne peut pas être bon partout..

2/ Commençons par une petite synthèse sur le pouce, voulez-vous ? ... Sur ce qui c'est passé depuis ma dernière newsletter, il y a un an.

1/ La génomique entendu au sens large, devient manifestement le soubassement de la médecine dite de precision, chère au Président Obama. Et probablement à terme, le socle de la santé dite prédictive. Il y a encore un peu moins de 15 ans : on ne savait pas séquencer notre génome. Maintenant on sait séquencer le génome de tout un chacun, à des prix d'ailleurs de plus en plus bas. A noter que cette chute des prix est d'ailleurs beaucoup plus importante que celle des microprocesseurs, avec la fameuse loi de Moore. Ce qui laisse augurer des changements majeurs dans la santé des Etres Humains (en attendant les microprocesseurs quantiques).

On sait faire, mais il a d'abord fallu commencer à changer les mentalités des corps médicaux dans le Monde, qui, pour un bonne part, sont encore réfractaires à cette nouvelle science. Car elle n'était pas enseignée quand ils ont fait leurs études de médecine. Ces sachants 1.0 sont donc dépassés. Ce qui les oblige aujourd'hui à modifier leurs comportements, leurs usages, .. et de se remettre à étudier (mais heureusement le "machine learning" arrive dans ces domaines : le "Docteur" Watson d'IBM par exemple qui aiderait des médecins américains à l'examen/traitement d'un million de malades aux USA !, selon le DG d'IBM France Nicolas Sekkaki. Et Docteur Watson donne son avis en quelques secondes seulement).

Par ailleurs, il n'y a pas que le corps médical à initier : il est indispensable que les populations soient elles aussi initiées pour arriver à un "marché de masse".. Et là, peu de choses sont faites par les gouvernements. Sauf peut être par le gouvernement anglais, qui dans son opération 100.000 génomes (voir plus loin), a mis en ligne toute une batterie d'explications, d'infographies, de vidéos explicatives.. Ce n'est pas le cas en France, et d'ailleurs rien n'est prévu dans ce domaine dans le plan "Génomique 2025". Les sachants restent entre sachants. On ne mélange pas chez nous les torchons et les serviettes.

Donc passage du curatif au prédictif : je vous engage à lire cette très intéressante étude de Rock Heal+h qui détaille le début de ce passage..

Comme vous le verrez, cela part un peu dans tous les sens, en tout cas entre 2 extrêmes.. Sans compter qu'il a génomique et génomique..

Pour faire simple, d'un côté donc, il y a ceux qui ne séquencent QUE les malades (cancer, maladies génétiques), pour essayer d'apporter des remèdes plus personnalisés. Cas de l'Angleterre avec l'opération 100.000 génomes. Cas de la France (mais attendons que son plan soit mis à exécution).

Et de l'autre, ceux qui proposent de séquençer TOUT le monde.. Malades ET bien portants. Cas des Chinois par exemple, et des Américains (avec leur opération Cohort Program qui démarre - voir plus loin). Les mandarins français - pour ceux qui fréquentent mon wall Facebook notamment - trouvent que c'est une ineptie de séquençer des supposés bien portants. Personnellement je pense qu'ils ont tort. Et même qu'il faudra se faire séquencer disons 2 fois par an.. Car nos cellules se divisent toutes les 6 semaines en moyenne : c'est comme cela que l'on grandit, et c'est aussi pour cela que la cellule meurt : sa mort est en effet programmée après x divisions (avec les fameux télomères qui se trouvent au bout de chaque chromosome).. Et en se divisant, ces chomosomes font des erreurs, des millions d'erreurs/jour. La plupart sont sans gravité.. Mais certaines par contre .. Comment donc savoir, si tel gène (le BRCA1 par exemple porté sur le chromosome 4 d'une femme - certains gènes ont été répertoriés, avec l'affectation d'une code - ) a récemment muté, ce qui entraînera à terme un cancer du sein à presque 100%  ? Et si on le sait, pourra-t-on faire quelque chose, à part se faire enlever les seins, comme l'a fait Angelina Jolie ? D'abord savoir : c'est le début du prédictif. Mais à quoi cela sert-il allez-vous me dire, si l'on ne peut rien faire pour garder ses seins ? C'est probablement pour bientôt, avec le CRISPR CAS9 (voir plus loin). Serguei Brin, l'un des 2 fondateurs de Google a lui une mutation de son gène LRRK2 sur son chromosome 12. Probabilité non nulle d'avoir la maladie de Parkinson (comme sa mère). A la différence d'Angelina Jolie, je doute qu'il se fasse couper la tête !

Dans cette dernière catégorie on peut aussi distinguer ceux qui ne font QUE le séquençage "direct to consumer" (23andme aux USA par exemple), et ceux qui "ratissent large", très large même. Car outre le séquençage proprement dit, c'est tout les éléments de la vie de la personne - malade ou non - qui sont enregistrés. Non seulement les analyses médicales (analyse de sang, calcul du métabolisme, etc ), mais aussi d'autres éléments les plus divers (qualité du sommeil, activités physiques, et même les activités sur les réseaux sociaux, etc). Cas par exemple de la startup chinoise iCarbonX et du Cohort Program des Américains (voir plus loin pour les 2).

Et le marché du génomique lui-même commence à se fragmenter.

Et l'on verra arriver sous peu, des gens qui, a priori n'ont rien à voir avec tout cela. Par exemple Starbucks, qui va vouloir étudier pour son propre compte, le métabolisme de ceux qui boivent par exemple 4 cafés par jour.. adulte, homme, femme, etc... 

Au total, le marché de la "precision medecine" atteindrait des niveaux astronomiques d'ici 2023.

2/ Mais qui est propriétaire de nos données de santé dans ce maelström qui se prépare ? Bonne question !.

Là aussi les choses sont loin d'être claires.. A l'instar de Facebook qui utilisent nos posts et commentaires pour vendre de la publicité, sans rien nous donner en retour, beaucoup essayent de faire la même chose avec nos données de santé.

Les séquenceurs "purs" comme 23andme font des "deals". Ils vendent généralement aujourd'hui à des big pharmas, des paquets de séquençages pour de très bons prix. A priori, ces séquençages vendus, sont anonymisés. L'un de mes amis biologiste français, qui lance une startup e-santé aux USA (Portable Genomics), m'a envoyé ce tableau :

Ce slide indique le nombre de deals déjà réalisés (petites pastilles jaunes). Par exemple 23andme a vendu à Genentech les fichiers du séquençage de 3.000 patients pour 60 millions de $ ! Soit 20.000 $ le séquençage ! Cela doit faire rêver le père Zuckerberg, le CEO de Facebook. Qui ne touche que 8 $ de revenu publicitaire par utilisateur actif/an/USA.

Et l'on observe sur ce marché naissant une tendance à la vente de paquets de plus en plus importants (500.000 pour le dernier deal d'Human Longevity). Et sur des durées plus longues.. De la vente en une fois, à la vente sur 10 ans avec probablement des mises à jour si l'on peut dire..

Cela étant, la loi américaine HIPAA (Health Insurance Portability and Accountability Act) exige de tous les établissements de santé (mais 23andme est-il un établissement de santé ?) qu'ils appliquent des règles strictes pour protéger la confidentialité et l'intégrité des informations des patients. Mais qu'en est-il si, bien portant, je rentre dans le Cohort Program ? Et pas dans un hôpital où l'on me séquence mes cellules cancéreuses pour essayer de me guérir ? Par ailleurs, les données de santé aux USA doivent être transmises à un malade à sa simple requête, avec le fameux ibluebutton, créé d'ailleurs par une médecin française aux USA (on se demande d'ailleurs pourquoi Bettina Experton - c'est son nom - s'est expatriée, et pourquoi elle n'a pas créé notre fameux DMP - dossier médical personnalisé). Le fait que tout un chacun puisse demander le rapatriement de ses données sur son iPhone par exemple, à de quoi refroidir quelque peu les ardeurs de ceux qui font métier de stocker des données de santé, avec l'idée de les revendre.

Qu'en est-il en France ? Certes nous n'en sommes pas là chez nous.. Notre dossier médical informatisé n'est pas encore on the road.. (cela fait depuis 2004 que nos braves élites s'époumonent pour, avec beaucoup d'argent public déjà englouti). Réclamer nos données médicales gérées par un data center de santé agréé (on en a quelques dizaines en France..), pour les stocker par exemple dans notre HealthKit d'Apple que nous avons déjà sur notre iPhone (pour la France cette application s'appelle tout simplement santé), n'est pas encore dans nos gènes, si l'on peut dire. Et pas sûr que nos élites médicales voient cela d'un bon oeil. Elles préféreront certainement garder pour elles ses précieuses données ? Là aussi on aimerait bien un éclairage circonstancié.

3/ Quels seront les impacts de ce changement de paradigme sur les secteurs connexes ? Par exemple les compagnies d'assurance et autres mutuelles ? Sur notre aimable Sécurité Sociale ? Qui va payer ce changement de paradigme ? A terme, les Français évolués ne vont-ils pas préférer faire suivre leur santé en mode prédictif par les GAFA américains ou chinois ? Au même titre que les Français, ont préféré l'Internet américain au Minitel de l'élite française ? Le prédictif devrait a priori coûter moins cher que le curatif. De combien ? Les consommateurs vont-ils réclamer la monétisation à leur profit de leurs données de santé ?

3/ La première startup "licorne" mondiale est née dans le domaine de la e-santé ... Elle est chinoise et s'appelle iCarbonX. Retenez bien ce nom.. 

iCarbonX a déjà levé 200 millions de $ (notamment auprès de Tencent) et est valorisée, comme toute licorne qui se respecte, à un milliard de $ ! Créée par Mr Jun Wang en octobre 2015 : une petite année pour devenir licorne ! Jun Wang n'est pas n'importe qui : il est en effet l'ex-CEO du Beijing Genomics Institute - BGI (créé il y a 7 ans !) qui séquence à tour de bras des légumes, des animaux, des malades et des gens bien portants. J'estime que ce BGI a déjà séquencés environ 30% des Etres Humains qui se sont fait séquencés dans le Monde à aujourd'hui. 

iCarbonX ne cache pas ses intentions : devenir le prochain Google dans la biotechnologie. Et particulièrement dans le domaine de la santé prédictive, en "vous fabriquant l'avatar de votre ADN". Et cette startup va vite, très vite.. Votre génomique, votre phénotype, vos données comportementales, sociales, environnementales, etc.. Toutes ces données vont être enregistrées et gérées dans son cloud (qui je pense, sera celui d'Alibaba, l'alter ego d'Amazon en Occident - gageons d'ailleurs que ce dernier ne va pas rester les bras croisés), avec - précise-t-on dans quelques communiqués de presse en anglais que j'ai pu voir - avec l'accord des gens intéressés.

Terrain de jeu : le Monde. D'ailleurs iCarbonX vient d'ouvrir un pied à terre européen basé à Malte. Les USA vont suivre. Il est probable que les réseaux sociaux vont jouer un grand rôle dans le développement des activités de cette licorne. Je rappelle que Tencent a développé WeChat, le réseau social qui a environ 700 millions d'utilisateurs dans le Monde. Lier un réseau social avec une plateforme telle que celle de iCarbonX a de quoi étonné de bons esprits gaulois, mais je pense que c'est très astucieux..    

Il n'y a pas à dire, la Chine veut prendre le leadership dans ce domaine. Quelles seront les réactions des Google, IBM (avec son Watson), Facebook (concurrent de Wechat), et les autres ? Sans nul doute, les Chinois veulent découvrir les premiers les processus du cancer et autres saloperies qui frappent le genre humain, en "crunchant" ces masses énormes d'informations avec leur big data et leur machine learning. Car ils ont aussi ce qu'il faut. 

L'objectif d'iCarbonX est de suivre 100 millions d'Etres Humains ! 

En fait, le passage du curatif (la médecine d'Hippocrate) au prédictif va probablement devenir une affaire supra-nationale dans les années à venir (l'Estonie démarre ainsi un concept de supra-nationalité - votre serviteur devient ainsi e-résident estonien). De plus, la disruption des langues démarre : un Français par exemple pourra discuter avec un Chinois en temps réel, sans avoir à apprendre le chinois, et de même pour le Chinois : pas besoin pour lui d'apprendre le Français (Skype Translator de Microsoft par exemple qui est encore en bêta, va proposer 40 couples de langues). Beauté du machine learning.

Supra-nationalité, disruption des langues.. quel sera l'impact sur les systèmes de santé locaux ? A méditer.

4/ Les USA lancent en fin d'année leur "COHORT program", annoncé il y a quelques mois par le Président Obama avec sa "precision medecine". Et le "Moonshot Cancer".

Il s'agit là d'un plan gouvernemental qui ressemble un peu aux objectifs d'iCarbonX, qui est elle est une société privée (le lien que je vous propose est un article du New York Times qui explique en détaille la mécanique américaine).

Donc le Gouvernement Fédéral recherche 1 million de volontaires, prêts à partager leur gènes, et les divers éléments de leur vie quotidienne dans le cadre de ce projet, prévu sur les 10 prochaines années. Certes il faut être volontaire, mais tous ne seront pas acceptés.

"Those selected to be members of the “precision medicine cohort” will be asked to provide a detailed medical history and blood samples so researchers can extract DNA. They will also be asked to report information about themselves — including their age, race, income, education, sexual orientation and gender identity, officials said.

But the project involves much more than statistics and laboratory work.

The government plans to collect information about a person’s lifestyle — diet, exercise, smoking, drinking, sleep patterns and other behavior — and the environment in which a person lives, so researchers can identify possible risk factors, including air pollution or high lead levels in drinking water."

Sur un autre plan tout a fait connexe, noter que le Vice-Président Américain Joe Boyden lui, s'occupe du "Moonshot cancer".

Bref, les Américains mettent aussi le paquet. A noter que le projet Cohort, de l'ordre de 500 millions de $, a été voté pour les premières tranches par les Démocrates ET les Républicains. Et le recrutement des cobayes se fera uniquement on line (par réseau social, smartphone, etc un peu comme chez iCabonX). Alors que dans le Programme Génomique Français : rien de tout cela.

Le chef d'orchestre de ce programme américain n'est autre que le Dr Francis Collins, une sommité dans le monde de la génomique, qui s'est notamment beaucoup impliqué dans le projet du Human Genome Project.

100.000 personnes chez les Anglais (voir ci-dessous), 1 million de personnes chez les Américains, 100 millions dans la startup chinoise. Tout cela sans compter ce que vont faire les GAFA américains, qui pour l'instant restent dans leur coin, à peaufiner leur stratégie.

Et en Europe ? Parlons-en !

5/ Les Anglais font le forcing dans la génétique (mais cela ne concerne que des malades - pas de supposés bien portants). Et cela semble leur réussir, en tout cas pour l'instant !

David Cameron, le premier ministre anglais a lancé et annoncé lui-même (!) il y a 3 ans, le projet 100.000 génomes, visant à séquencer 70.000 anglais atteints du cancer et/ou de maladies génétiques. Ce projet avance bien semble-t-il. On est loin du million du Cohort program américain, et des 100.000 millions annoncés par iCarbonX ! Mais c'est déjà cela.. Coût de l'opération 100 millions de Livres.

Et déjà plus de 12.000 personnes séquencées à aujourd'hui Outre-Manche.

Réussite en effet, car d'autres pays commencent à rejoindre cette opération : l'Irelande, l'Islande, l'Ecosse... De même des centres de recherches, des industriels (Illumina : qui le principal fabricant de séquenceurs haut débit dans le Monde), des startups, des PhD.. etc.. Bref un noyau qui grossit, un cluster qui devient intéressant. Car quand on part le premier, avec un pilote qui manage convenablement la chose : il y a un avantage concurrentiel.

Les Anglais ont d'ailleurs réussi une première mondiale avec les technologies du "gene editing", en guérissant la jeune Layla qui allait mourir d'une leucémie lymphoblastique aiguë.

Autre élément intéressant dans cette opération 100.000 génomes : le gouvernement initie la population anglaise à ces choses "omiques". Vidéos sur youtube, infographies explicatives, interviews de malades qui ont pu bénéficier de l'opération.. Voir par exemple cette excellente animation : https://www.youtube.com/watch?v=nneWFaJ6Hfc

Une visite du site Web de Genomics England s'impose : https://www.genomicsengland.co.uk/

Pourquoi donc cette stratégie d'information tout azimut ? Mon petit doigt me dit que les Anglais vont certainement aller plus loin en préparant ainsi leur population. Peut être envisagent-ils le séquençage à terme de toute la population ? Cela étant, il ne faut jurer de rien, car avec le Brexit, on ne sait pas trop quels en seront les impacts d'une façon générale, ainsi que dans ce domaine de la e-santé en particulier.

Les Anglais ne sont pas les seuls à penser de séquencer tout le monde : Justin Kao par exemple, le Ceo d'Helix (Helix une filiale d'iIllumina qui est en train de mettre sur pied un appstore génomique mondial - vous avez bien lu) pense que dans 20 ans, 90 % de la population mondiale sera séquencé ! Qu'on se le dise..

Restons en Angleterre : Google, par l'intermédiaire de sa filiale Deep Mind a désormais accès aux données de santé de 1,6 million de patients. Un accord , avec la NHS dont les termes n'ont pas été précisés (mais selon une autre source, l'accord va très loin). Le National Health Service est le système de santé publique du Royaume-Uni. Vous voyez un tel accord en France ?

Après IBM et son Watson, Google arrive en effet avec ses gros sabots. Les autres GAFA ne vont pas tarder... Au fait Watson comprend maintenant 7 langues. Dernière en date : le Français (on dit que Martin Hirsch pourrait proposer son utilisation aux médecins de l'AP-HP).

6/ Et la France alors ?  

Hé bien, c'est fait, la France a aussi son plan "génomique 2025" ! Annoncé par la Ministre de la Santé en juin dernier. Un rapport copieux (170 pages ! que j'ai lues, si, si..)  a été remis au Premier Ministre par l'Aviesan qui l'a réalisé, en interrogeant de multiples acteurs potentiels. On peut à ce sujet se demander pourquoi notre Premier Ministre n'a pas annoncé lui-même la chose, comme l'a fait en son temps David Cameron pour son pays. Cela aura eu un impact plus important sur la société française ?

Toujours un tantinet à la bourre les Gaulois ! (5 à 7 ans après les Chinois, 3 à 5 ans après les Américains et les Anglais..).

Vous allez me dire qu'il faut mieux tard que jamais.. Certes.. 

Que peut-on en tirer ? Je vous engage vivement à le lire : http://www.inserm.fr/actualites/rubriques/actualites-evenements/plan-france-medecine-genomique-2025.

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Quelques réflexions personnelles :

1/ Ce rapport reconnaît d'abord notre retard en matière de "médecine génomique". Ce n'est déjà pas si mal que nos belles élites le reconnaissent. D'habitude, nos sachants, plutôt arrogants, ne s'abaissent pas à reconnaître leur "non vision".. Il suffisait à mon avis d'observer ce qui se passe ailleurs, pour comprendre qu'il fallait y aller, sans autre forme de procès. Enfin là, on a voulu demander à tous nos silos.

Page 13 : 

" La France accuse aujourd’hui, dans le domaine de la médecine génomique, un retard sensible face à ces pays qui disposent d’ores et déjà d’infrastructures nationales capables de réaliser des dizaines de milliers d’analyses annuelles .. Par ailleurs des pays européens, Allemagne, Estonie, Pays-Bas, Slovénie, ont déjà entrepris d’intégrer la médecine génomique dans leur système de santé augmentant le risque de voir se développer, à terme, une rupture d’équité des français devant notre système de soins, avec des patients (français) qui iront rapidement chercher ces services à l’étranger. (sic !). Ce n'est pas moi qui écrit cela.

Page 18 :

"L’objectif est de disposer, à l’horizon 2020, d’une chaine opérationnelle avec un socle d’indications élargi et une capacité de séquençage adossée à une douzaine de plateformes permettant la prise en charge d’un volume de patients ciblés : • pour les maladies rares : un minimum de 20 000 patients par an soit, avec les familles, 60 000 génomes ; • pour les cancers, où la priorité sera donnée aux patients métastatiques/réfractaires au traitement, environ 50 000 patients soit 175 000 équivalent génomes.

On a beaucoup travaillé pour établir ce rapport.. Avec un comité de pilotage conséquent.

Page 47 - Annexe 2 (vous remarquerez la liste des sigles reflétant la cohorte de silos)...

Page 49 à 59 - Annexe 3 

Liste des participants et des acteurs auditionnés.. Environ 250 personnes.. 

 2/ En gros, les Français copient d'une certaine façon le modèle anglais qui me paraît toutefois, sous réserve d'inventaire, nettement moins compliqué, que ce que nous sommes en train de mettre sur pied "à la française". Notre mécanique va en effet s'appuyer sur de multiples silos. Notre système va couvrir l'ensemble du territoire (comme en Angleterre). Il est basé sur une douzaine de plateformes de séquençages à très haut débit - ici la notion de très haut débit n'a pas le même sens que dans un réseau de télécommunications. Cela veut dire que l'on va séquencer TOUT le génome avec des matériels rapides. Ces plateformes seront certainement intégrées dans des hôpitaux, avec pour les faire fonctionner, une quinzaine de spécialistes servants/plateformes. Mais il semble à la lecture de certains commentaires de mandarins inclus dans ce Programme, que nous n'avons pas les personnels qualifiés.

Pour information, voilà une vue d'un salle de séquenceurs Illumina chez BGI en Chine..

(NB. Selon omicsmaps, il y aurait dans le monde 7.389 séquenceurs toutes marques confondues, dont plus de 5.000 aux USA, 259 en Chine, 201 en Allemagne, 200 au Royaume-Uni. Et en France 91 - La startup Illumina a plus de 50% du marché mondial). La France n'a pas d'industrie du séquenceur à ma connaissance. En Europe non plus. Sauf en Angleterre avec le Minion de Nanopore (mais ce pays ne fait plus partie de l'Europe). Le Minion est en fait une clé USB spécifique : suffit de cracher dedans pour que l'ordinateur fasse le séquençage avec un logiciel adhoc. Rêvons un peu : à terme, cela préfigure peut être le séquenceur de type "électro-ménager", que l'on pourra acheter sur Amazon pour son foyer.

Les plateformes françaises seront a priori connectées sur un seul (?) cloud semble-t-il (appelé CAD dans le rapport : collecteur analyseur de données - le mot cloud semble banni par nos élites, peut être à cause du fameux cloud souverain de Fillon qui a foiré ? ). On abandonnerait donc dans ce domaine les multiples data centers de données agréées (qui selon moi, sont une ineptie). Quel sera l'avenir de ces data centers agréés ?

Toutes les données génomiques de tout les malades séquencés se trouveraient donc dans un seul réservoir. Il n'est pas précisé ce que sera ce CAD, ni ce que seront les séquenceurs très haut débit (probablement des Illumina américains type HiSep Xtel ? Ou alors le "revolicity" de Complete Genomics, startup américaine rachetée par le BGI chinois ?). Par ailleurs les algorithmes de big data, et le machine learning ne sont pas non plus précisés. On ne sait pas trop ce que cela va être.

En fait la stratégie française semble être la mise à disposition des données d'un malade à son équipe de médecins pour proposer un traitement personnalisé. Pas de "crunch" global de toutes les données comme chez les Anglais, et autres. Mais peut-être que je me trompe. En tout cas ce n'est pas précisé dans le programme.

3/ Ce plan me donne l'impression de la mise en branle "d'une armée mexicaine" : mandarins, offices gouvernementaux de santé, sociétés privées à la recherche de la manne étatique (Orange et son Cloud, Atos/Bull, Cap/Sogeti, etc..). Chocs entre egos, rivalités entre silos, saupoudrage habituel des investissements, relations compliqués entre silos, ou avec les startups (encore que des startups dans ces domaines, nous n'en avons pas à ma connaissance...), frilosité des capitaux risqueurs français. Etc.

Bref, tous les travers habituels de la société française 1.0.

Avez-vous ainsi remarqué le nombre impressionnants d'organismes divers, cités en bas de la page de garde du rapport (voir au-dessus) ? Je me demande s'il y aura un pilote dans l'avion, où si comme d'habitude chacun va essayer de tirer la couverture à soi (comme par exemple dans le fameux plan "cloud souverain" du ci-devant Fillon..). Normalement, le pilote coordinateur serait l'Avisean avec son Président Yves Levy (pas de profil sur Linkedin - mais il a une bréve bio sur Wikipedia). D'ailleurs très peu de professionnels cités dans ce rapport, ont un profil Linkedin.

4/Combien cela va nous coûter ? J'ai eu beau retourner le rapport dans tous les sens.. Pas d'indications de coûts. C'est Marisol Touraine qui nous en donné un chiffrage dans une conférence de presse : 670 millions d'€ sur 5 ans.

Certes l'annexe 8 (page 115 du rapport) établi par la "Toulouse School of Economics" - vous saviez que nous avions cette école en France ? - nous donne quelques indications très succintes, auxquelles je n'ai pas compris grand chose n'ayant pas fait l'X, ni l'ENA. On y parle de WGS (cela veut probablement dire Whole Genome Shotgun). Personnellement si j'avais été Mr Yves Levy je n'aurais pas accepté ce "torche-cul" dans le Programme.

5/ Par certains côtés (mais je suis très mauvaise langue), cela me rappelle notre fameux Plan Calcul, qui a lui aussi foiré, et qui nous aurait coûté à l'époque, 40 milliards de Francs ! Je me méfie en effet des capacités de l'élite française dans le domaine du numérique. Car la génomique devient une affaire de data, et donc de numérique. Et dans ces domaines on ne peut pas dire que nos élites soient des cadors. On se souviens de Quaero, de Louvois, du DMP (dossier médical personnalisé de M'sieur Douste Blasy en 2004), etc.. et plus récemment du SAIP (système d'alerte et d'informations des populations) ! Et il y en a d'autres !

Mais ne soyons pas défaitiste. Attendons ce que nos élites vont faire.

Puis-je leur suggérer de travailler en mode transparence et non pas en mode opacité, comme d'habitude ? Car cela est affaire de tous les Français et de leur propre santé, et pas seulement le fait d'une poignée de sachants. Pour cela :

1/ Faire un site web (je sais, c'est prévu).. si possible en mode "responsive design", et compréhensible par tout un chacun, en se mettant à la place du Français de base.

2/ Y intégrer un blog avec des articles explicatifs, vidéos, infographies, etc (comme chez les anglais).

3/ Créer un compte twitter (cela n'est pas prévu semble-t-il). Par exemple le nommé :  "frenchgenomics". Qui permettra à l'équipe de publier à intervalles réguliers des news diverses sur le déroulement du Plan. Certes il est prévu de publier chaque année un rapport d'étape. C'était bien dans les temps anciens, mais cela ne suffit plus aujourd'hui : les réseaux sociaux sont là : autant les utiliser.

4/ Et naturellement s'informer sur ce qui se passe dans le monde (c'est a priori prévu).. En tout cas, les honorables membres de cette équipée pourront naturellement utiliser mes newsletters e-santé (et mon compte twitter où je publie des news dans ce domaine, mais pas que..).

Bref, de mettre en oeuvre en plus du Plan, une mécanique 2.0 avec community manager et tout le toutim. Car la plupart des professionnels de médecine qui ont participé à la rédaction de ce plan... sont très 1.0.. Peu ont un profil sur Linkedin, encore moins un compte twitter, etc.. Il serait temps de démocratiser ces choses et non plus les réserver à une élite.

J'aurais naturellement l'occasion de revenir sur ce plan.

Voilà pour cette 12ème newsletter.

Ma prochaine devrait paraître .. un de ces jours. Je vais en effet reprendre la publication vu que les Français ont maintenant décidé de s'y mettre.

On y verra que l'Homo Sapiens (en général) est sérieusement bogué. Beaucoup plus que Windows !

Nos amis ophtalmologistes 1.0 ont du soucis à se faire. Startups et Googe s'intéressent à leur business.. 

Pourquoi pas un DMP "blockchainé" comme en Estonie ?

Impacts de la "foodtech" et des spectrométres de poche sur notre alimentation, et donc notre santé ?

On y parlera surtout du CRISPR CAS9 : les Chinois en effet vont commencer à utiliser cette technologie de "ciseaux génétiques" capables d'enlever un gène défectueux et de le remplacer par un "neuf". Technologie créée par une française Emmanuelle Charpentier - mais hors de France (elle a quitté la France et Pasteur) - et une américaine : Jennifer Doudna. Ces 2 dames, dont on parle très peu en France, seront certainement nobélisées. Il est regrettable que notre Programme ne parle de ces ciseaux génétiques et ne nous en donne pas un avis circonstancié. Mais peut-être que leur utilisation est interdite en France ?

Cette technologie permettra-t-elle d'éradiquer à terme les maladies ? Auquel cas, cela mettrait à bas la médecine curative d'Hippocrate. C'est en cela je pense que nous allons changer de civilisation. Car depuis la nuit des temps l'Etre Humain a été bricolé par Dame Nature et/ou Dieu le Père (ou les 2). Maintenant nous allons nous bricoler nous-mêmes. Ce qui conduira probablement à quelques débordements.. 

Le sytème de santé français risque-t-il de se faire disrupter ?  Petite comparaison. En 1994, un jeune blanc bec complètement inconnu lance Amazon. Les patrons de notre grande distribution, ont regardé cela avec condescendance. Ils ont bien rigolés. 20 ans plus tard, ils ne rigolent plus, et se demandent avec appréhension comme ils vont résister à ce disrupteur. Car si les Chinois réussissent avec "notre" technologie du CRISPR à guérir leurs cancéreux, cela va se savoir. Et même que tF1 dans son 20 h, va en parler. A votre avis, quel sera la réaction d'un cancéreux français ?

Un moratoire mondial sur la génétique serait probablement idoine pour y voir clair. Car ces choses sont aussi, voir plus importante, que le climat. Et ce n'est pas parce que l'Etat Français interdit de .. , que nous n'aurons pas un jour, de jeunes français "Monsanto" modifié génétiquement. Car cela sera très simple à faire avec les déplacements de population (à la différence du nuage de Tchernobyl, qui, comme chacun sait, c'est arrêté à nos frontières). Et de plus, on ne le saura pas. Un jeune chinois modifié vient en France faire quelques études (ce n'est pas inscrit sur son passeport qu'il est modifié). Tombe forcément amoureux d'une jolie française non génétiquement modifiée. Ils font des enfants... qui seront de fait, génétiquement modifiés (je me demande ce qu'en pense le FN et autres partis politicards français).

A la prochaine.. Bonne chance dans le Futur.

PS

1/ je me présente à la primaire sur laprimaire.org. Voilà mon programme. Vous y verrez un plan concret sur la e-santé (avec notamment la révision de la loi Kouchener de 2002).

2/ Grégoire Besnier (l'un de mes amis qui habite Vienne en Autriche) et moi, pensons qu'il y aurait lieu de faire la première grande conférence mondiale sur l'avenir de l'Humanité. Car il y a urgence. Nous pensons, à tort ou à raison que le Pape François, autorité morale incontestée, devrait en prendre le leadership, ce qui serait la suite logique de sa dernière encyclique. Nous lui avons préparé un épais dossier. Que Grégoire a envoyé au Vatican.

Wait and see.