Sous ses apparences d'iPhone 5s, l'iPhone SE se dote donc d'une puce A9 et d'un coprocesseur de mouvement M9 de dernière génération, exactement les mêmes qui équipent déjà les iPhone 6s et 6s Plus.
Il comprend aussi le capteur photo iSight 12Mpx, lequel intègre la fonction Live Photos, qui permet de capturer tous les moments avant et après une prise de vue sous forme d'animation, ainsi que l'enregistrement vidéo en 4K.