VIROME: Ils retracent la vie de virus vieux de 30 millions d'années

Ces scientifiques de l’université de Boston révèlent, avec ces travaux, l’épopée mondiale d’un groupe de rétrovirus qui aurait touché 28 espèces de mammifères, il y a quelque 15 à 30 millions d’années. Alors que les rétrovirus sont abondants dans la nature et comprennent les virus de l’immunodéficience humain (VIH-1 et -2) et les virus de la leucémie à cellules T, l’histoire de groupe spécifique de virus appelés » ERV-Fc « , et décrit dans la revue eLife, montre comment ces virus peuvent infecter une large gamme d’espèces dont des carnivores, des rongeurs et des primates, et se propager à presque tous les continents.

Pourquoi étudier de si anciens virus ? L’équipe répond : » les virus ont un impact significatif sur l’écologie et l’évolution de tous les organismes, des bactéries aux humains ; mais, malheureusement, ils ne laissent pas de fossiles derrière eux, ce qui signifie que nous savons très peu de choses sur leur développement et leur évolution. Au fil de millions d’années, cependant, des séquences génétiques virales s’accumulent dans les génomes d’ADN des organismes vivants, dont les humains, et vont finalement faire office de « fossiles » moléculaires et permettre de mieux comprendre l’histoire naturelle des virus et de leurs hôtes « .

L’étude situe ainsi les origines de ces virus ERV-Fc au début de l’Oligocène, une période de refroidissement climatique qui a conduit à l’âge glaciaire et par recherche dans les bases de données de séquence du génome de mammifères, pour chaque génome comportant une séquence ERV-Fc suffisante, ont reconstitué les séquences de protéines liées à l’infection par le virus et cela pour chaque espèce de mammifères. De cette étude, les scientifiques ont pu déduire l’histoire et l’évolution des virus ERV-Fc.

Des infections passées aux infections émergentes : C’est aussi la reconstitution de leur évolution génétique reflétant leur adaptation à différents types d’hôtes mais aussi des échanges génétiques avec d’autres virus, qui aboutit aux recombinaisons génétiques leur ayant permis de survivre et de se développer. » Le défi est maintenant d’utiliser ces anciennes séquences virales pour comprendre toute l’histoire d l’évolution de ces virus, ce qui permettra de mieux comprendre aussi les modèles d’évolution et de propagation des infections virales actuelles, comme à VIH, ou émergentes. Et de prévoir les risques…pour dans des millions d’années.

Source: eLife March 8, 2016 DOI: 10.7554/eLife.12704 Tracking interspecies transmission and long-term evolution of an ancient retrovirus using the genomes of modern mammals

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