CANCER: La pureté de la tumeur peut fausser la décision de traitement – Nature Communications

Des échantillons de tumeurs qui peuvent fausser considérablement les analyses génomiques et influencer les implications et classifications cliniques, c’est l’avertissement apporté par cette étude de l’Université de Californie – San Francisco : dans certains cas, la proportion de cellules normales et de cellules immunitaires  » mélangées  » aux cellules cancéreuses dans un échantillon de tissu donné peut fausser considérablement les résultats des analyses et biaiser la décision de traitement ciblé. Ces observations, documentées dans la revue Nature Communications suggèrent un argument supplémentaire en faveur des biopsies liquides ?

Car les tumeurs peuvent contenir une variété de cellules en bonne santé mixées avec des cellules cancéreuses. Cette hétérogénéité a toujours été analysée comme à la base de la résistance aux thérapies anticancéreuses. Cependant, les chercheurs montrent ici que tenir compte de la "pureté" de la tumeur – une tumeur pure étant entièrement ou principalement composée de cellules cancéreuses- pourrait ouvrir ou voir préférer d’autres options thérapeutiques pour les patients.

L’étude a porté sur un ensemble de données du Cancer Genome Atlas (TCGA), une initiative du National Cancer Institute et du Human Genome Research Institute, des données issues de l’analyse d’échantillons de tumeurs et de tissus normaux de 11.000 patients, portant au total sur 33 types de cancer. L’équipe a mesuré la pureté de la tumeur sur plus de 10.000 échantillons couvrant 21 types de cancer, et a évalué comment cette pureté pouvait affecter la fiabilité de 3 méthodes d’analyse génomiques courantes, utilisées dans la recherche sur le cancer.

Prendre en compte la  » pureté  » de la tumeur : L’équipe constate alors que l’expression de certains gènes peut varier considérablement à l’analyse, en fonction de la prise en compte de la pureté de la tumeur.

·   Dans certains échantillons, de cancer du poumon, du rein et de la thyroïde, si la pureté de la tumeur n’est pas été prise en compte, l’analyse peut donner des résultats trompeurs sur l’expression relative de protéines cibles importantes dans l’immunothérapie.

·   Enfin, la  » signature génétique  » qui prédit parfois la réponse à l’immunothérapie s’avère aussi fortement corrélée avec la pureté d’un échantillon donné.

·   La  » charge mutationnelle  » qui identifie les gènes et les voies qui peuvent conduire à la réponse aux traitements s’avère elle-aussi sensible à l’infiltration de cellules immunitaires dans la tumeur.

Dans le cas des immunothérapies : l’équipe constate que les mesures utilisées pour prédire l’efficacité des immunothérapies ciblant  » les inhibiteurs de check points  » sont exactes uniquement lorsque le degré d’infiltration des cellules immunitaires dans la tumeur a été quantifiée de manière précise. Lorsque cet aspect de la pureté de la tumeur n’a pas été pris en compte, les estimations des chances de succès de l’immunothérapie sont erronées, soit trop élevées ou soit trop faibles. Et, dans le cas de l’immunothérapie, qui est un traitement coûteux et avec risque d’effets secondaires, il est essentiel d’identifier quels patients sont plus les susceptibles d’en bénéficier. Et cela est possible, en évaluant plus finement les cellules immunitaires présentes dans les tumeurs.

Bref, les tumeurs sont un microenvironnement complexe contenant un certain nombre de types de cellules, normales et cancéreuses, qui interagissent, et c’est cet ensemble qui doit être considéré.

Source: Nature Communications 04 December 2015 Doi:10.1038/ncomms9971 Systematic pan-cancer analysis of tumour purity

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