INFECTIONS URINAIRES : Le séquençage ADN pour réduire la résistance et l'inconfort du patient – ICAAC

40% des femmes auront au moins une infection urinaire dans leur vie. Une sur 4 une ou plusieurs récidives. Avec ces épisodes répétés d’infection des voies urinaires, des symptômes handicapants dont la pollakiurie ou l’envie permanente d’uriner. Pouvoir prescrire rapidement le bon antibiotique, ici grâce à une nouvelle méthode de séquençage génétique, permettrait de réduire considérablement le risque de résistance bactérienne et de limiter la durée des symptômes,  pour le patient.

C’est l’objectif de ce nouveau dispositif de séquençage de l’ADN de la taille d’une clé USB présenté à la Conférence sur les agents antimicrobiens et la chimiothérapie (ICAAC) de l’American Society for Microbiology. Le dispositif se montre aujourd’hui capable d’identifier les bactéries responsables dans l’urine fortement infectée et de préciser leur séquence ADN en seulement 12 heures. Soit en 25% du temps nécessaire en microbiologie classique.

Infection, incontinence et résistance : Aux désagréments fréquemment répétitifs de l’infection urinaire, comme le besoin quasi continu d’uriner même lorsque la vessie est vide (pollakiurie), et la douleur au moment de la miction, voire la fièvre, s’ajoute la possibilité du développement d’une résistance des bactéries aux traitements les plus courants. Ainsi, s’il est aujourd’hui possible de soulager les principaux symptômes, par des médicaments ou des protections adaptées, le traitement de l’infection même est plus complexe en raison des résistances croissantes aux antibiotiques: on estime que 15% des bactéries E. coli responsables sont résistantes aux fluoroquinolones.

En France, les infections urinaires représentent aujourd’hui le deuxième motif de consultation et de prescription d’antibiotiques du médecin traitant et dans les Services d’urgences, mais elles sont probablement la première cause d’infections bactériennes. L’incidence annuelle est estimée à 4 à 6 millions de cas et les infections urinaires représentent de 1 % à 2,1 % de l’activité des généralistes.

L’E. coli est responsable d’environ 80% des infections urinaires qui toucheront au moins une fois 40% des femmes dans leur vie. Une femme touchée sur 4 aura ensuite un deuxième épisode dans les 6 à 12 mois.

Les hommes peuvent également contracter des infections des voies urinaires, mais elles sont moins fréquentes.

Réduire le risque d’antibiorésistance : Les chercheurs de l’Université d’East Anglia montrent que ces infections des voies urinaires pourraient être traitées bien plus rapidement et efficacement en utilisant un dispositif de séquençage de l’ADN de la taille d’une clé USB. Le nouveau dispositif appelé  » MinION  » permet d’effectuer un séquençage par nanopore capable de caractériser les bactéries à partir d’échantillons d’urine 4 fois plus rapidement que via les méthodes traditionnelles de culture de bactéries qui prendront 2 jours pour apporter des résultats. La technique permet également de détecter la résistance aux antibiotiques, ce qui permet de traiter les patients plus efficacement et de mieux gérer la résistance aux antibiotiques.

Réduire la durée des fuites pour le patient: Le Pr David Livermore, de l’École de médecine de Norwich de l’UEA rappelle que si les infections urinaires peuvent être très « gênantes » pour les patients, dont la plupart sont âgés voire hospitalisés. Aujourd’hui, les médecins sont contraints de prescrire une antibiothérapie à large spectre puis ensuite d’ajuster le traitement au vu des résultats de laboratoire, ce qui contribue à l’émergence de la résistance aux antibiotiques. Certains patients restent ainsi plusieurs semaines avec des symptômes handicapants d’incontinence, sans conseils suffisants.

Certes, la méthode reste à affiner, à la fois pour être adaptée à l’identification des résistances plus complexes, par mutation génétique, et à l’usage en routine clinique. Cependant la technologie se développe rapidement, avec des améliorations progressives, concluent les auteurs.

Source: ICAAC/ICC 2015 September 19, 2015 DNA sequencing to improve treatment of urinary infections (Visuel@Oxford Nanopore Technologies) et J. Antimicrob. Chemother July 28, 2015 doi: 10.1093/jac/dkv206 Early insights into the potential of the Oxford Nanopore MinION for the detection of antimicrobial resistance genes

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