Le scénario envoie donc le professeur Layton à Misthallery suite à l'appel à l'aide d'un ancien camarade de fac aujourd'hui maire du village, lequel souffre des attaques d'un esprit insaisissable démolissant bien des habitations. Afin de résoudre ce mystère, notre brave Hershel est accompagné de sa nouvelle assistante Emmy et du fiston de son vieux copain, Luke, mais peut aussi compter sur ses connaissances de Scotland Yard - déploiement de gros moyens pour compréhension d'événements d'apparence surnaturels. Un village pétri de secrets pour un jeu encore une fois bourré d'énigmes.
Le soft nous présente donc encore bien des énigmes à résoudre - 170, dont certaines ont un gros air de déjà-vu, mais après autant c'est un peu normal - et plusieurs mini-jeux totalement optionnels mais fort bienvenus: un chemin de fer, un aquarium et un théâtre de marionnettes. A noter que des séquences spéciales (appelées épisodes) n'apparaissent qu'avec une progression dans ces à-côté. Le jeu, classique par rapport à ses prédécesseurs, est très bien rythmé avec toujours de nouvelles révélations afin de faire avancer son histoire tout en bénéficiant d'une durée de vie conséquente. Une copie propre du studio.