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Grâce à cette adaptation vidéo-ludique sur Nintendo 3DS, le joueur aura la complète maîtrise de tous les aspects du jeu: nombre de cases du plateau, nombre de bateaux, niveau de difficulté de l'intelligence artificielle, ou bien encore durée de chaque tour.
"Navy Commander" introduit des armes spéciales avec des capacités variées: le radar permet au joueur de sonder tout un secteur d'océan, le missile à têtes multiples touche neuf cases en croix, la double attaque octroie un deuxième tir... Ces armes spéciales peuvent être récupérées sur les cases d'océan sans bateau. Ainsi, même un tir malheureux peut permettre au joueur de reprendre l'avantage.
Le stylet de la console permet de placer ses bateaux de façon très simple et intuitive, et de se déplacer sur toute l'étendue du plateau de jeu, tandis que l'écran supérieur donne un aperçu de l'état de sa flotte.
"Navy Commander" pourra se jouer seul contre une intelligence artificielle ou à deux sur la même console; mais le mode le plus intéressant sera certainement le multijoueur sans fil avec une seule cartouche de jeu: une fois la console de son ami détecté, un joueur pourra partager son jeu gratuitement avec lui afin que chacun puisse jouer sur sa propre machine.