Situé immédiatement au sud de l’ancien centre romain et à l’embouchure du Brenta (Medoacus en latin), le Prato fut pendant l’Empire romain un des points de passage majeurs de la région. En effet à cet endroit se rejoignaient les anciennes routes connectant Padoue (Patavium en latin) avec Este (Ateste en latin) et Adria (Hatria en latin).
C’est également ici qu’étaient situés d’importants édifices de la ville romaine, comme le théâtre, le temple de Concorde et le cirque de la ville. Un lieu où Tite Live récitait ses premiers vers et où l’on jouait les drames sacrés.
Des courses et des tournois de chars y furent donnés en présence des empereurs Frédéric Barberousse et Charlemagne.
En 304 la martyre Justine (plus tard sainte Justine), fut enterrée dans un cimetière proche du Prato. Au IVème siècle, la croissance du culte de sainte Justine conduisit à la construction d’un premier lieu de culte qui lui était dédié. À partir de ce moment, le Prato della Valle fut étroitement lié au culte de sainte Justine.
Pendant l’antiquité et le haut Moyen Âge, la place était appelée Champ de Mars (Campo di Marte en italien) car une de ses fonctions principales était d’accueillir des défilés militaires. Elle fut ensuite renommée Valle del mercato à cause des nombreux marchés et foires saisonnières qui s’y tenaient, puis « Pré de Sainte Justine » (Prato di Santa Giustinia en italien), à cause de l’église de Sainte Justine qui y était située. Le nom de Prato della Valle (Pratum vallis en latin) apparaît pour la première fois au XIIème siècle.
En latin, le terme pratum était utilisé à l’époque médiévale pour désigner un vaste espace consacré aux usages commerciaux qui, souvent, était couvert d’herbe. C’est ce terme qui a donné naissance au mot italien prato, qui a la même signification. Le mot valle, quant à lui, signifie « en aval » et « lieu marécageux ».
Pendant le Risorgimento, la place est renommée place Victor-Emmanuel II (piazza Vittorio-Emmanuelle II en italien).
Le 14 février 1767, le Sénat de Venise déclare propriété municipale le Prato della Valle de Padoue, cette antique et vaste marais, et demande au provéditeur Andrea Memmo et à l’abbé Domenico Cerato de transformer cet espace.
En 1775, le Pra’ della Valle est devenu l’une des plus belles places du monde, grande d’environs 88.000 mètres carrés, traversée par un canal sinueux enjambé par quatre ponts et décorée avec des statues d’hommes célèbres.