La ville a besoin de héros. Alors que New York sombre dans les ténèbres sous l’influence maléfique de Shredder, quatre frères, en marge de la société, sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Ninja Turtles. Les Tortues devront s’associer à la courageuse reporter April O’Neil pour sauver la ville et empêcher Shredder de mettre son plan diabolique à exécution.