Mais c'est en restaurant l'église que les nouveaux bénédictins retrouvèrent, en 1679, les reliques de Saint-Guilhem, disparues le siècle précédent. Cette découverte devait relancer le culte de Saint-Guilhem. Par la suite, les moines occupèrent l'abbaye jusqu'en 1790, date à laquelle leur communauté monastique se trouva réduite à 6 moines. L'église monastique devint alors la seule église paroissiale du village, l'église Saint-Barthélémy ayant été détruite en 1783 par Mgr. de Fumel, évêque de Lodève, lors de l'élargissement des voies d'accès au monastère pour son carrosse. Mais 8 ans avant le départ des moines, l'abbaye s'était enrichie d'un orgue construit par le facteur Jean Pierre CAVAILLE.
Lors de la Révolution, un inventaire des meubles et effets trouvés dans l'abbaye fut dressé en mai 1790. Il concernait surtout l'orfèvrerie, les reliquaires, les tableaux et les livres de la bibliothèque. En 1791, les habitants de Saint-Guilhem arrivèrent pourtant à sauver les reliques les plus précieuses : les fragments de la Vraie Croix et les ossements de Saint Guilhem.
Quant aux bâtiments monastiques, ils furent vendus comme Biens Nationaux. C'est ainsi que dans les murs on vit s'installer une filature de coton, puis une tannerie, tandis que les habitations prenaient place dans les anciens bâtiments conventuels situés autour du cloître qui avait été dépecé dès le début du XIXè siècle. C'est alors qu'une grande partie des sculptures du cloître fut dispersée à Saint-Guilhem et alentours, ou acquise par des particuliers, dont le juge de paix à Aniane.
Au début du XXè siècle, de nombreuses sculptures furent achetées par le sculpteur américain, George Grey Barnard , lequel les céda à son tour au Musée des Cloîtres de New York où l'on peut toujours aller les admirer. Depuis 1910, la plus grande partie des bâtiments conventuels appartiennent à l'Association Diocésaine de Montpellier, laquelle, avec l'aide de l'Etat, des institutionnels et de la commune de Saint-Guilhem Le Désert, a entrepris depuis les années 50 de nombreux travaux d'entretien et de restauration.