La présence de certaines reliques, dont une de la vraie croix, cadeau du patriarche de Jérusalem à Charlemagne, qui l'aurait remise par la suite à son cousin Guilhem, ont donné une certaine notoriété à l'Abbaye.
Autre fait important : la présence du corps de Saint Guilhem dans un sarcophage en marbre blanc placé dans le sanctuaire, derrière l'autel, à la vénération des pélerins.
Mais le trésor de l'abbaye possédait encore d'autres richesses dont une épine de la couronne du Christ et une relique de la vierge. Par ailleurs l'abbaye disposait également de livres liturgiques, dont le plus célèbre est le "Sacramentaire de Gellone" qui se trouve aujourd'hui à la Bibliothèque Nationale. Autant de faits qui permirent à l'abbaye de Gellone de se développer au cours des siècles suivants, malgré certaines périodes assez difficiles.
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