Selon le rapport du Grenelle de la mer, contrairement à une nasse, qui laisse passer les plus petits poissons, le chalut n’est pas sélectif. Pour une poignée de poissons ciblés et commercialisés, les pêcheurs en eau profonde remontent à la surface jusqu’à une centaine d’espèces. Des poissons rejetés à l'eau car inutilisables, mais souvent déjà morts. Aussi de nombreuses espèces vivant en eaux profondes sont menacées d'extinction, à l'instar de plusieurs requins des profondeurs qui figurent sur la liste rouge de l'Union internationale pour la conservation de la nature. Le Grenelle plaide "l'application du principe de précaution de toute urgence" contre cette "logique d’extraction jusqu’à épuisement". Car l'espérance de vie dans les fonds marins est plus longue, la croissance moins rapide et la maturité sexuelle très tardive. "Il faut parfois des dizaines, des centaines voire des milliers d’années pour renouveler ces populations", explique Philippe Cury, de l'Institut de recherche pour le développement. Et la surexploitation ne leur en laisse pas le temps.
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