Substances toxiques élaborées par un micro-organisme. Ces toxines interviennent dans la capacité de ce micro-organisme à provoquer une maladie. Le pouvoir pathogène d’un germe est fonction de sa virulence (pouvoir de multiplication) et/ou de sa capacité à sécréter ces toxines.
Il en existe deux types : les endotoxines (produites à l’intérieur de certaines bactéries et libérées lors de la destruction de celles-ci, elles peuvent être responsables d’états de choc survenant au cours de septicémies) et les exotoxines (excrétées par des germes et diffusant dans l’organisme, elles sont responsables de maladies cutanées, digestives ou nerveuses).