Entre le détroit de Gibraltar et l'embouchure du Bosphore, la Méditerranée compte plus de 15 000 îles. A côté des plus connues, la Corse, la Sardaigne, Chypre, la Sicile ou Malte, certaines sont plus secrètes, voire interdites au public. Zembretta, Kato Antikeri, Grand Rouveau... Ces îlots méconnus et isolés de Méditerranée s'avèrent très convoités. Les investisseurs recherchent ces ultimes paradis retranchés. Ce documentaire présente les actions des scientifiques du programme « Initiative pour les petites îles de Méditerranée » qui témoigne de la vulnérabilité d'îles à la biodiversité unique.
Des vues sous-marines de la baie de Tavolara au panorama minéral des Cyclades, les caméras esquissent une cartographie de la pression touristique. Elles décèlent, sur l'île de Zembra, les vestiges d'un palais inachevé, désiré par l'ex-première dame de Tunisie, Leïla Ben Ali. Et débusquent de fantomatiques bunkers désaffectés, sur l'ancienne base russe de Sazan, en Albanie.