Le chercheur Ron Fouchier de l'Erasmus Medical Center (Pays-Bas), déjà à l'origine du développement d'un supervirus de la grippe aviaire H5N1, s'est penché sur ce nouveau coronavirus, différent de tous ceux déjà isolés chez l'Homme et qui ressemble étrangement au virus SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère). Un virus à l'origine d'une alerte des autorités de santé publique mondiales après un décès et deux autres cas recensés. Sa recherche, publiée dans l'édition du 20 novembre de Mbio ®, la revue de l'American Society for Microbiology, qui a permis de décrypter le génome du virus, de l'apparenter aux virus trouvés dans les chauves-souris, ouvre la voie à des méthodes de diagnostic et à des développements thérapeutiques contre cette maladie émergente.
Son équipe a étudié le génome du virus HCoV-EMC/2012 pour identifier ses relations avec d'autres virus et les sources ou réservoirs possibles. «Le virus est le plus étroitement lié aux virus des chauves-souris trouvées en Asie mais n'est lié à aucun virus humain», déclare Ron Fouchier qui confirme ainsi une source animale.
Le premier cas intervenu en Arabie saoudite au début de 2012 chez un homme de 60 ans, présentant une pneumonie aiguë et une insuffisance rénale avant son décès avait évoqué aux autorités sanitaires, la menace posée par les coronavirus, une famille virale qui comprend le virus du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), un agent pathogène qui, apparu en 2002, avait finalement entraîné le décès de 900 personnes. Deux autres patients souffrant d'infection avec des virus similaires avaient ensuite été identifiés dont un soigné dans un hôpital de Londres. La séquence complète génomique du virus de ce patient a été déchiffrée le 13 Novembre. Avec seulement 99 différences de nucléotides simples, par rapport au premier virus identifié, il est clair que ce second coronavirus est de la même espèce que celui du premier cas, explique le chercheur, qui attend encore la séquence du génome du virus du 3ème cas.
Des sources et réservoirs probablement multiples : Le génome du virus HCoV-EMC/2012 qui fait l'objet de l'étude été entièrement séquencé en quelques jours par l'équipe de Ron Fouchier. Les analyses phylogénétiques affectent le virus au genre Betacoronavirus, dont les plus proches parents, avec 77% de similarité dans la séquence, ont été isolés en Asie sur des chauves-souris. Cependant ces virus sont suffisamment distincts pour considérer que ce nouveau virus correspond à une nouvelle espèce de virus, dit Ron Fouchier.
La parenté entre le virus HCoV-EMC/2012 et le virus qui a infecté le patient de l'hôpital de Londres est intéressante, car les virus sont suffisamment semblables pour être de la même espèce mais suffisamment différents pour ne pas, probablement, être directement liés. En synthèse, ils ne proviendraient pas de la même source.
Les chercheurs travaillent maintenant à identifier les sources de sa virulence pour permettre le développement de méthodes de diagnostic, de médicaments antiviraux et de vaccins, considérant que 3 cas identifiés justifient au moins l'existence d'un diagnostic.
Source: American Society for Microbiology New Coronavirus Related to Viruses From Bats (Visuel CDC “coronavirus”)
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