PES 2013 disposera d’une version sur console portable de Nintendo avec un gameplay entièrement mis à jour, et une multitude de modes de jeux.
Ce nouveau jeu disposera en exclusivité des compétitions UEFA Champions LeagueTM et de la Copa Libertadores, et recréera ainsi le rythme et les compétences des meilleures ligues de football.
En plus de son superbe mode solo, des contrôles et d’un système de précision inégalés, les utilisateurs pourront emmener leurs joueurs jusqu’au sommet grâce au mode « Devenez une légende », créer une équipe gagnante avec le mode « Ligue des Masters », et jouer avec leurs amis via le mode en ligne multi-joueurs de la Nintendo 3DS