En 1993, Jean-Michel Jarre est élu ambassadeur de bonne volonté pour l'UNESCO. Son but est d'effectuer une série de concerts dans des endroits stratégiques désignés par l'UNESCO.Son nouvel album "Chronologie" sort le 23 mai 1993. Le premier single, "Chronologie 4", fait une entrée fracassante dans hit-parade français en se classant directement à la première place. Ce nouvel album est prétexte à une série de concerts. Pour la première fois, Jean-Michel part en tournée en Europe. Europe en Concert c'est 15 concerts dans 7 pays différents. De juillet à octobre, Jean-Michel Jarre illuminera le Mont St Michel, Wembley, Bruxelles, Barcelone et même Versailles. La tournée sera un vif succès, rassemblant près de 660.000 spectateurs.
Après quelques mois de repos, Jarre reprendra la route vers la Chine cette fois. Il a en effet été choisit pour créer la cérémonie d'ouverture du nouveau stade de Hong-Kong, les autres postulants n'étaient autres que Michael Jackson et Madonna. C'est la première fois qu'il retournait en Chine depuis 1981.
Un autre concert était prévu en cette année 1994 mais il sera finalement annulé. Il aurait dû se tenir le 18 Juin dans le Rheinstadion de Düsseldorf en Allemagne.Le nouveau projet ambitieux de Jean-Michel Jarre était de fêter l'année de la tolérance et les 50 ans de l'UNESCO à travers le monde. Le premier "Concert pour la Tolérance" aura lieu en 1995 à Paris, au pied de la Tour Eiffel. Ce spectacle sera également l'achèvement d'un vieux rêve pour Jean-Michel, voir la dame de fer changer de couleurs. L'événement rassemblera 1.200.000 spectateurs, un nouveau succès. Initialement, d'autres "Concert pour la Tolérance" devaient se tenir en des lieux symboliques, on parla de Beyrouth et de Atlanta, la ville de Martin Luther King. Malheureusement, seul le concert de la Tour Eiffel aura survécu au projet.
L'année suivante, Jean-Michel Jarre ouvre en association avec le Ministère de la Culture son premier site Internet, Un Espace pour la Tolérance.
Son site officiel www.jeanmicheljarre.comouvrira en 1997 à l'occasion de la sortie de son nouvel album.
20 ans après le succès mondial de Oxygene, Jean-Michel Jarre revenait aux sources en enregistrant une suite "Oxygene 7-13". Pour l'occasion, il mélangea les synthétiseurs d'époques à la nouvelle technologie. Tout comme son prédécesseur, Oxygene 7-13 a atteint le haut des classements européens, sa meilleure position étant une 2e place en Autriche. Ce nouvel album fut l'occasion d'une nouvelle série de concerts. Contrairement aux concepts des Villes en Concert, méga spectacles tenants compte des architectures du lieu "piraté", Jean-Michel décida d'effectuer une tournée en salle bien classique. Il expliquera sa décision par le souhait de vouloir jouer devant un comité de spectateurs plus restreint et d'amplifier ainsi les contacts avec le publique. Le "Oxygene Indoor Tour" a parcouru l'Europe de Mai à Juin. La deuxième partie de la tournée s'est déroulée en France durant le mois d'Octobre.
Les autorités moscovites estimèrent les spectateurs de Oxygene in Moscow à 3,5 millions ! Il s'agit du plus grand rassemblement de personnes depuis les funérailles de Stalin en 1953 !Le grand événement sportif de 1998 était bien évidemment la Coupe du Monde de football en France. Jean-Michel Jarre participera à sa manière à cette grande fête. Outre le morceau Rendez-Vous 98 remixé par Apollo 440, Jarre a également collaboré avec Tetsuya Komuro, un célèbre artiste au Japon, afin de composer l'hymne de la prochaine Coupe du Monde en 2002 co-organisée par le Japon et la Corée. Ce morceau, intitulé Together Now, rompt avec les traditionnelles musiques de Jarre puisqu'il s'agit d'une chanson chantée en anglais par une japonaise. De même, la musique est très tendance et il est difficile d'y reconnaître la patte de JMJ.
L'an 2000 marque sans aucun doute une nouvelle étape dans la carrière de Jean-Michel Jarre. Dans la nuit du 31 décembre 1999 au 1er janvier 2000, il s'est produit au pied des Pyramides d'Egypte dans un fabuleux spectacle poétiquement intitulé "Les 12 Rêves du Soleil". Comme d'habitude, tout y était grandiose avec un budget de près de 9,5 millions de dollars, 1.000 artistes (danseurs, chanteurs, musiciens) et 10 tonnes de feux d'artifices. Hosni Moubarak, le président égyptien, y assiste tandis que des extraits du spectacle sont retransmis dans le monde entier. Ce concert du millénaire s'est déroulé jusqu'aux premières lueurs de l'an neuf.
En 2002, il est l'invité du Festival du Printemps de Bourges. Le 7 septembre, il donne un concert à Aalborg au Danemark dans un champ d'éoliennes. AERO est un hommage au vent. À cette occasion, ses plus grands succès sont remixés et préfigurent le nouveau style de Jarre.
En novembre sort l'album Sessions 2000, au style Jazz-électro.
En 2003, sortie de l'album Geometry of love, conçu pour le VIP Room, au style lounge.
En 2004, il sort Aero. Dans cet album disponible en CD+DVD, il réexplore les morceaux qui ont fait son succès (Oxygène 4, Equinoxe 4) en son digital 5.1 et enregistre également quelques inédits : Aero, Aerology… Le 10 octobre, il ouvre l'année de la France en Chine avec un grand concert en plein cœur de la Cité interdite
Le 26 août 2005, il donne un grand concert à l'occasion des 25 ans de Solidarnosc, dans les chantiers navals de Gdansk, Pologne.
Le 26 mars 2007 est sorti son dernier album Téo & Téa qui compte 13 titres. Jean Michel surprend ses fans grâce à des sons dus à de nouveaux synthétiseurs. Il dit à propos de cet album : J'ai voulu explorer l'univers de la rencontre car l'homme a de plus en plus de solutions pour parler mais est de plus en plus seul. L'album contient un CD et un DVD 5.1., contenant le clip Téo & Téa et d'autres bonus.
En septembre 2007, il réenregistre au Studio ALPHACAM l'album Oxygène avec les instruments de l'époque, mais avec de nouveaux arrangements, ainsi que des morceaux inédits à l'époque. En effet, pour les 30 ans de la parution d'Oxygène Jean Michel reprend son plus gros succès et lui fait bénéficier des nouvelles technologies numériques en accompagnant la musique par des images en trois dimensions. Ce nouvel album baptisé Oxygène 3D sort le 23novembre2007 chez EMI, sa nouvelle maison de disques, en trois versions et coffrets différents, donc un avec version vidéo en 3D. La version 3D fera l'objet d'une diffusion le 22 novembre 2007 en avant première dans plusieurs cinémas 3D en Allemagne. Une série de concerts dans toute l'Europe a débuté pour présenter cette nouvelle version au public, initialement au théâtre Marigny à Paris en décembre 2007. Un blog officiel a également été créé pour donner des nouvelles quotidiennes de la tournée.
Après avoir sillonné l'Europe avec Oxygene Tour 2008, Jarre se lance un nouveau défi après quelques mois seulement, repartir en tournée en salle Indoor à travers l'Europe, mais cette fois-ci pour jouer le meilleur de son répertoire (de Oxygène à Chronologie en passant par Rendez-Vous et Equinoxe). Cette « post-tournée européenne » Indoors 2009 se prolonge en tournée mondiale 2010 dans laquelle Jean Michel Jarre se produit pour huit dates exceptionnelles du 17 au 26 mars 2010 dans les Zénith de France, et au palai omnisport de Paris-Bercy le 25 mars. Ce World Tour l'emmènera aussi en Allemagne (9 villes), Pologne (Katowice, Płock, Rzeszów), République tchèque (Liberec), Belgique (Liège), puis retour en France en fin d'année. D'autres destinations devraient probablement être rajoutées hors Europe. Cette tournée de Jarre devrait donner lieu à un album d'inédits dont il présente au fil de la tournée quelques morceaux en avant-première dans chaque ville.
Le 1er juillet 2011, il donne un concert gratuit sur le port de Monaco pour célébrer le mariage des époux Albert II de Monaco et Charlene Wittstock. Il joue ses morceaux légendaires, ainsi qu'un morceau inédit sur scène.