Responsable de 70% des cas d'infections à l'hôpital, associée à de nombreux décès, la bactérie Clostridium difficile ou C. difficile reste extrêmement difficile à éliminer de l'environnement. Alors que notre organisme est capable par ses bactéries naturelles de l'intestin, d'éliminer les formes latentes de C. difficile, ces chercheurs du Welcome Trust sont parvenus à isoler la bonne combinaison. Ce travail publié dans l'édition du 25 octobre de la revue PLoS Pathogens aura des conséquences importantes pour les approches de contrôle et les traitements de l'infection.
Le C. difficile peut entraîner des ballonnements, une diarrhée, des douleurs abdominales. La bactérie est présente dans le corps de certaines personnes où d'autres bactéries de l'intestin l'éliminent et l'empêchent de se propager. Mais en cas de traitement par certains antibiotiques à large spectre, ces autres bactéries peuvent être détruites et l'intestin envahi par C. difficile.
Ces chercheurs du Wellcome Trust Sanger Institute ont utilisé des souris pour identifier justement une combinaison naturelle de 6 bactéries capable d'éradiquer une forme hautement contagieuse de C. difficile. 3 des 6 bactéries n'avaient jamais été décrites auparavant. Ce travail peut avoir des conséquences importantes pour le contrôle et les traitements ultérieurs approches. Ils ont identifié une souche de C. difficile, connue sous le nom O27, responsable d'une contagion prolongée et très difficile à traiter par antibiotiques. La souche libère des spores très résistantes sur une période prolongée très difficiles à éliminer. La souche en question a déjà été confirmée comme responsable d'épidémies en Europe, en Amérique du Nord et en Australie. Les chercheurs ont d'abord traité des souris infectées avec cette forme persistante de C. difficile par toute une gamme d'antibiotiques, mais constatent alors toujours la rechute. Lorsque les chercheurs traitent les souris infectées par «bactériothérapie fécale » c'est-à-dire transplantation de selles de souris saines, ils constatent leur rétablissement sans réapparition de l'infection, dans la grande majorité des cas.
Il s'agissait donc d'isoler ensuite les bactéries capables d'éliminer C. difficile et de rétablir l'équilibre microbien de l'intestin. Les chercheurs ont donc cultivé un grand nombre de bactéries naturellement présentes dans l'intestin des souris puis testé de nombreuses combinaisons de ces bactéries, jusqu'à isoler une combinaison efficace contre l'infection. « Ce cocktail de 6 espèces bactériennes, efficace et reproductible a supprimé C. difficile chez la souris et a permis la restauration de la flore bactérienne de l'intestin», explique le professeur Harry Flint, auteur principal de l'étude. L'équipe a ensuite séquencé les génomes de ces 6 bactéries et a comparé leur structure génétique pour constater qu'ils avaient ainsi découvert 3 nouvelles espèces bactériennes. Leur combinaison s'avère génétiquement diversifiée et issue des principaux groupes de bactéries présents chez les mammifères.
Leur résultat confirme l'efficacité de combattre le C. difficile avec une combinaison définie de bactéries, naturellement présentes dans l'intestin. Cette piste répond à la nécessité de réduire la sur-utilisation des antibiotiques et incite à exploiter le potentiel des communautés microbiennes naturelles pour traiter les infections liées aux déséquilibres microbiens, explique le Pr Gordon Dougan, chercheur au Wellcome Trust Sanger Institute.
Source: PLOS Pathogens on 25 October DOI: ppat.1002995 Targeted restoration of the intestinal microbiota with a simple, defined bacteriotherapy resolves relapsing Clostridium difficile disease in mice (Visuels CDC)
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