Entre 1661 et 1722, l'Empereur Kangxi (voir portrait) parvint à évincer la concurrence et à apparaître comme le seul protecteur possible pour le Tibet. Dans le haut-plateau, ce fut le début d'une guerre civile qui s'acheva en 1728 avec la mise en place d'un gouvernement pro-chinois. Ceci facilita les interventions chinoises dans les affaires internes du Tibet.
C'est dès le 18ème siècle que commencèrent les premières intégration de territoires à l'empire (le Qinghai actuel et des parties du Sichuan et du Yunnan).
L'empereur Qianlong décida de modifier la protection en une forme de domination. L'occasion lui en fut fournie par un soulèvement anti-chinois qui eut lieu en 1750. Il envoya son armée au Tibet qui mit un terme aux agitations. Suite à cela,en 1793, un "règlement en 29 points" fut mis en place et le Tibet du déclaré protectorat de fait de la Chine.
En réalité, les relations entre les deux pays n'évoluèrent guère et restèrent celles de "religieux protecteur". Au 19ème siècle, l'empire ne considérait toujours pas le Tibet comme une province.
C'est aussi au 18ème siècle que les puissances occidentales, comme la Russie, le Royaume-Uni et la France, commencèrent leurs manoeuvres et leurs négociations pour étendre leur zone d'influence en Asie. Le Tibet se trouvait à la croisée des empires coloniaux des uns et des autres.