Le projet de transfert de la tombe de Jean Paul II d'une crypte de la basilique Saint-Pierre à l'intérieur même de l'édifice a été approuvé par une commission du Vatican. Ce transfert de la tombe, qui reçoit quotidiennement 15.000 à 20.000 visiteurs, comprend 2 options : soit un monument en pierre, soit une châsse qui permettrait de voir la dépouille dont le visage serait recouvert d'un masque en cire. Le cardinal Giovanni Battista Re a déclaré :
"Il y a de grandes chances pour que le corps soit intact. Il a été placé dans trois cercueils différents comme celui de Jean XXIII, qui était en parfaite condition. La peau était sèche mais bien conservée et il a suffi d'une couche de cire".
La tombe se trouve actuellement dans une crypte où sont inhumés une soixantaine de papes, deux reines et un empereur, située à quelques pas de la tombe de Saint Pierre. La basilique accueille aussi les tombes d'une douzaine de papes, dont celles de Jean XXIII et de Paul VI. Ce déplacement de la tombe pourrait intervenir après la béatification de Jean Paul II.
Benoît XVI a évoqué Jean Paul II, "apôtre de la Divine Miséricorde", aujourd'hui à l'occassion de l'Angélus. Il a rappelé que le pape polonais avait "fermé les yeux" le samedi 2 avril 2005, la veille du second dimanche de Pâques consacré à la Divine Miséricorde.