L'hominidé de Denisova est le nom donné à une espèce d'hominidé identifiée par analyse génétique en mars 2010. Les scientifiques pensent que cette espèce a vécu il y a entre 1 million et 40 000 ans, dans des régions peuplées par l'homme de Néandertal et l'Homo sapiens Une équipe de scientifiques coordonnée par Svante P??bo de l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutionniste à Leipzig en Allemagne a séquencé l'ADN mitochondrial (ADNmt) extrait des fragments d'une phalange d'auriculaire provenant d'un enfant d'environ 7 ans retrouvée avec quelques dents dans la grotte de Denisova, dans les montagnes de l'Altaï au sud de la Sibérie3. Des objets trouvés dans la grotte au même niveau que les fragments osseux ont été datés par le carbone 14 entre 30 000 et 48 000 ans BP 4.
Les données disponibles pour l'ADNmt laissent penser que ce nouvel hominidé aurait un ancêtre commun avec l'homme anatomiquement moderne et avec l'homme de Néandertal, qui daterait d'il y a environ 1,0 million d'années5. Ses ancêtres seraient arrivés d'Afrique par une voie différente de celle des ancêtres des Néandertaliens et des hommes modernes et ils appartiendraient à une espèce distincte.
La stratigraphie de la grotte suggère que les hominidés de Denisova ont vécu aux mêmes époques que celles où les Néandertaliens ont cohabité avec l'homme moderne.
Fin 2010, une étude basée sur le séquençage de l'ADN nucléaire extrait d'une phalange provenant du même site confirme que l'hominidé de Denisova a des origines communes avec l'homme de Néandertal6. Il aurait également contribué à hauteur de 4 à 6 % au génome des Mélanésiens actuels et aurait été relativement répandu en Asie à la fin du Pléistocène. Une molaire exhumée dans la grotte, appartenant à un individu dictinct, présente un ADNmt proche de celui de la phalange évoquée précédemment ; ses caractéristiques morphologiques, très grosse et archaïque d'aspect, indiquent selon les auteurs que l'histoire évolutive des hominidés de Denisova est distincte de celles des Néandertaliens et des Homo sapiens.
En août 2011, un article de Laurent Abi-Rached publié par Science décrit le séquençage de l'ADN de ce Dénisovien qui montre que des croisements se sont produits avec les Homo Sapiens.
Le transfert de gènes des Dénisoviens aux hommes modernes a laissé la plus forte fréquence d'une variante des gènes HLA (HLA-B) dans les populations d'Asie occidentale, l'endroit le plus probable où des accouplements fortuits entre sapiens et Dénisoviens se sont produits.