L'imagerie médicale, en open source et crowdsourcée ?

Le MIT a mis au point une plateforme collaborative pour assister les entreprises et les laboratoires dans le développement d'applications en imagerie biomédicale. Les contributeurs seraient des scientifiques travaillant depuis des années dans le domaine.

Pour améliorer le traitement et l'analyse de l'imagerie biomédicale, il est nécessaire de pouvoir développer et tester des applications. Pour les diffuser et les améliorer, le mieux est de se baser sur la collaboration entre scientifiques. Un groupe de chercheurs du Laboratory of Computational Neuroscience du Massachussets Institute of Technology (MIT) a mis en place Fiji, une plateforme open source permettant de partager des applications. Mise au point par une vingtaine de développeurs volontaires, Fiji a été conçue un peu à l'image de pages web à la façon Wikipédia où chacun peut contribuer, partager des codes source, et utiliser ses connaissances pour aider les autres. L'objectif avant tout est de capitaliser sur les travaux déjà effectués et de les exploiter, pour les laboratoires et les entreprises spécialisées dans les microscopes, comme bases pour le développement de produits plus précis. Selon les fondateurs de la plateforme, celle-ci serait ainsi utilisée dans le domaine de l'inscription de l'image, sa segmentation ou également de sa reconstruction et de sa visualisation en 3D.

En faire profiter le milieu professionnel

En effet, la plateforme répondrait à l'un des obstacles que rencontrent les entreprises du secteur, à savoir le manque d'accès à des solutions existantes. Concrètement, les scientifiques volontaires peuvent partager leurs travaux sur le site, et rendre ces derniers modifiables et exploitables. Les entreprises qui y trouvent un intérêt peuvent alors utiliser tout ou partie des développements - après négociation - pour développer leur propre application. C'est de cette façon qu'Ignacio Arganda, un chercheur de San Sebastián de los Reyes à Madrid qui travaillait sur un projet impliquant l'étude du développement des glandes mammaires et le cancer du sein chez la souris, a été contacté par une entreprise spécialisée dans les microscopes, en partageant son travail sur Fiji. Intéressée par sa solution sur les images élastiques qui corrige les déformations sur les microscopes, la société lui a demandé une version spécifique du programme, mais ayant développé ce projet durant sa thèse, il était difficile de pouvoir le vendre.

Une collaboration fructueuse ?

A la fin, la société et le chercheur ont trouvé un arrangement permettant l'utilisation du programme à la seule condition de communiquer à son créateur toute amélioration afin d'en faire un projet open source. Les chercheurs du MIT croient au succès de la plateforme qui, selon eux, pourrait stimuler l'innovation dans le secteur et jouer sur les coûts. En effet, pour les entreprises, voir ces solutions déjà développées représente soit la possibilité de s'en inspirer pour mettre au point leurs propres applications (mais cela est plus coûteux), soit de collaborer. Quant aux scientifiques contributeurs, c'est une opportunité pour donner de la visibilité à leur travail auprès des entreprises, créer et entretenir leurs propres plug-in sur la plateforme et les vendre s'ils devenaient plus spécifiques.