L'hiver est aux portes de l'Islande. La pluie s'invite, la température baisse. C'est dans ce climat pas encore franchement hostile qu'un homme est retrouvé mort dans son appartement. N'était ce message laissé sur le corps du défunt, la police aurait pu conclure à un accident domestique. Erlendur, accompagné des inspecteurs Elinborg et Sigurdur Oli entament l'enquête selon les procédures classiques. Très vite, la nature de l'homme qu'ils ont découvert se révèle et oriente les investigations vers des faits perpétrés il y a plus de quarante ans. A cette époque, Holberg, la victime du meurtre, aurait violé une jeune femme. Celle-ci serait tombée enceinte, aurait mis au monde une petite fille qui devait périr quelques années plus tard à la suite d'une tumeur au cerveau.
Tout comme dans La Rivière noire, La Cité des Jarressoulève le problème du viol fait aux femmes, de la reconnaissance d'un tel acte aux yeux de la justice et de la société. Si le premier roman fait état de l'utilisation du Rohypnol, la drogue du viol, les circonstances de ceux perpétrés dans La Cité des jarres – le cas n'étant pas isolé – remonte à bien plus longtemps, comme si d'une manière implicite, au fil de ses ouvrages, Arnaldur Indridason avait voulu montrer que la problématique n'avait pas changé, les femmes redoutant toujours d'être considérées comme coupables quand elles ne sont que victimes, au point de ne pas déclarer les violences qu'elles ont subies.