Localisée à environ 250 km au nord-ouest de Tahiti, cette île de l'archipel de la Société est de dimensions assez réduites : l'île principale ne mesure que 8 km du nord au sud et 5 km d'est en ouest ; la superficie totale de Bora-Bora, îlots compris, est inférieure à 40 km².
Le chef-lieu de l'île est Vaitape. L'atoll de Tupai est une dépendance administrative de Bora-Bora.
Bora-Bora est formé d'un volcan éteint, entouré par un lagon et une frange de récif. Son point culminant est le mont Otemanu (727 m) situé au centre de l'atoll ; un autre sommet, le mont Pahia, lui aussi situés sur l'île principale, atteint 661 m.
L'île principale est creusée de trois baies ouvertes sur le lagon : la baie de Faanui et la baie de Tuuraapuo ou baie Povai à l'ouest, et la baie Hitiaa au nord-ouest. La baie de Tuuraapuo sépare l'île principale de deux îlots de nature volcanique : Toopua et Toopua-iti.
Un collier de corail protège Bora-Bora comme une digue. Il s'agit d'un récif-barrière, qui ne présente qu'une ouverture sur l'océan : la passe de Teavanui, située à l'ouest de l'île principale, qui permet à la plupart des gros cargos d'entrer dans le lagon. Ils doivent, toutefois, rester dans un chenal car ailleurs l'eau est peu profonde. Le récif-barrière est par endroit très large, il dépasse deux kilomètres de largeur au sud-ouest de l'île. À l'est et au nord de l'île, le récif supporte une série d'îlots constitués de débris coralliens et de sable (ce genre d'îlot est appelé motu). C'est sur un motu situé au nord, le Motu Mute, qu'a été construit l'aéroport de Bora-Bora.
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