DIAGNOSTIC ANTÉNATAL: Un peu de sang de la mère suffit, même en l’absence du père – Nature

Ces scientifiques de Stanford prennent la suite de leurs homologues de l'Université de Washington, en développant un test anténatal, qui, à partir d'un simple échantillon de sang maternel, permet aussi le séquençage du génome fœtal. Une nouvelle approche, présentée dans l'édition du 4 juillet de Nature, qui, va encore plus loin que la méthode précédemment présentée, car ce nouveau test n'a pas besoin de l'ADN du père, un avantage significatif lorsque la paternité véritable de l'enfant ne peut pas être connue.

Parvenir, à partir d'échantillons de sang et de salive, à déchiffrer le génome d'un bébé avant sa naissance était déjà, « à portée de main », avec cette prouesse de chercheurs de l'Université de Washington qui présentaient leurs conclusions dans l'édition du 6 juin de la revue Science Translational Medicine. Mais l'ADN du père, à travers l'étude d'un échantillon de salive, restait indispensable.

Or, dans un cas sur 10, la paternité de l'enfant ne doit pas être connue car soit le père est « indisponible », soit il refuse tout simplement fournir un échantillon. « Nous sommes intéressés à identifier les maladies ou anomalies qui peuvent être traitées avant la naissance, ou immédiatement après », explique le Pr Stephen Quake. « Sans ce type de diagnostic, le nouveau-né atteint d'un syndrome métabolique traitable ou de troubles du système immunitaire peut développer sa maladie jusqu'à des symptômes plus sévères et plus visibles ». Par ailleurs les techniques progressent, leur coût diminue et il deviendra de plus en plus courant de diagnostiquer des maladies génétiques dans le premier trimestre de la grossesse, ajoutent les chercheurs.

Toujours sur les exomes : Dans cette étude, les chercheurs ont également utilisé les séquences « signifiantes » du génome, les exomes, pour déterminer si le fœtus présentait un syndrome génétique rare, le syndrome de Di George, ou microdélétion 22q11 (délétion courte du chromosome 22). Bien que les symptômes et leur sévérité varient de beaucoup d'un patient à l'autre, ils comprennent généralement des troubles cardiaques, neuromusculaires et cognitifs. Les nouveau-nés atteints peuvent montrer des difficultés d'alimentation, des anomalies cardiaques et des convulsions liées à des niveaux excessivement bas de calcium.

Différencier l'ADN du fœtus, de celui du père et de la mère : Les chercheurs en diagnostic prénatal se sont longtemps heurtés au problème de la distinction ADN de la mère de l'ADN du fœtus, en particulier dans la région où ils partagent la même anomalie, explique le Dr Diana Bianchi, directeur de recherche au Tuft Medical Center, qui commente ces travaux : « Ici, l'équipe de Quake montre de manière élégante comment le séquençage d'exomes peut permettre de déterminer si le fœtus a hérité du syndrome de Di George de sa mère ». La technique repose sur la circulation de l'ADN du fœtus dans le sang de la mère, son niveau augmentant régulièrement pendant la grossesse pour atteindre 30% du total de l'ADN circulant en fin de grossesse. Ce test prend en compte que l'ADN fœtal contient du matériel génétique à la fois de la mère et du père mais, en comparant les niveaux relatifs des halotypes (groupes de variations génétiques sur les chromosomes) maternels dans le sang de la mère (comprenant l'ADN à la fois de la mère et du fœtus) et paternels (du fœtus seulement), les chercheurs sont capables d'identifier l'ADN fœtal à partir de cette combinaison de données puis de l'isoler pour le séquencer. La méthode diffère de celle de l'Université de groupe de Washington en déduisant la contribution génétique du père, plutôt que par l'échantillonnage direct, par la salive.
L'équipe de Stanford a vérifié sa méthode sur deux grossesses. Une des mères avait le syndrome de Di George, l'autre pas. Leur séquençage montre que l'enfant de la femme atteinte, le serait aussi. 

Dès 2008, le laboratoire du Pr Quake était déjà pionnier dans le déchiffrage de cet l'ADN fœtal circulant, pour diagnostiquer les maladies liées à des chromosomes manquants ou supplémentaires, tels que le syndrome de Down. Aujourd'hui, 4 entreprises américaines commercialisent des tests basés sur cette technique pour les parents comme pour les médecins, et ce service est en constante augmentation.

Cette étude confirme la très prochaine capacité à détecter des anomalies génétiques du fœtus par simple analyse du sang de la mère et en l'absence du père, et sera une très probable alternative à l'amniocentèse et autres tests qui reposent sur l'obtention de cellules ou de tissus provenant du fœtus par insertion d'une aiguille dans l'utérus - une procédure invasive qui peut conduire à une fausse couche dans 1 cas sur 200 grossesses-.  

Non-invasive prenatal measurement of the fetal genome (Visuels Fluidigm Inc)

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