Alors que les deux candidats à la présidence revendiquaient la victoire aux élections, l'armée a limité les prérogatives du futur chef de l'Etat et s'est emparée du pouvoir législatif avant même la publication officielle des résultats.
Quel que soit le vainqueur, ses pouvoirs seront strictement limités par un décret publié dans la nuit par le Conseil suprême des forces armées. Selon ce décret, le président n'aura comme seule prérogative que de nommer un gouvernement dont chaque loi devra être validée par les militaires. Le Conseil suprême des forces armées a aussi annoncé le transfert du pouvoir législatif à l'armée jusqu'à l'élection d'une nouvelle assemblée, après avoir dissous le parlement dominé par les Frères musulmans. Cette manoeuvre pourrait aussi permettre aux généraux de confier la rédaction de la future constitution à une commission formée par leurs soins.
Cette décision a été vivement dénoncée par les révolutionnaires et les libéraux. Quant au Parti de la liberté et de la justice, le bras politique des Frères musulmans, il a affirmé dans un communiqué que l'Assemblée du peuple restait valide et gardait le pouvoir législatif, rejetant sa dissolution et le transfert de ses prérogatives à l'armée.