En no Gyōja aussi nommé En no Ozuno de la famille Kamo (VIIe siècle) est considéré comme le fondateur du shugendō.
Les universitaires présentent souvent le shugendō comme un syncrétisme, mais l’ethnologue japonais Sennichi Kanazawa est persuadé que le shugendō est le creuset d’où sont issus tous les bouddhismes japonais. Au fil des siècles, les doctrines du shugendō se tinteront des courants dans lesquels elles vont évoluer : avec les moines Kūkai, Shōbō (ja), Mongaku et Enchin, Zôyô, Jitsukaga, etc., ce sera le bouddhisme ésotérique des écoles Shingon et Tendai ; avec le moine Renkaku, ce sera le bouddhisme de l’école Zen ; avec l’ascète poète Saigyō Hōshi, ce sera le bouddhisme de la Terre Pure et avec le prince impérial Hachiko no Ōji (ja) ce sera le shintoïsme, etc.
Actuellement, le shugendō est pratiqué par les écoles bouddhistes traditionnelles des temples Kinpusen-ji (ja) (branche Tonan shugen), le temple impérial Shōgo-in (ja) (branche Honzan shugen), le temple Daigo-ji Sanbō-in (en) (branche Tozan shugen), le temple Seiganto-ji (en) du Kumano Sanzan (branche Kumano shugen), les temples Kannon-ji et Shōzen-in (Haguro shugen des trois monts Dewa), les 5 temples (Gojuin) du village de Yoshino dans la préfecture de Nara, etc. Le shintoïsme a quelques fois supplanté les courants bouddhiques grâce à l’aide préfectorale (et politique) dans le nord-ouest et le centre du Japon.
Les disciples du shugendō sont référencés en trois catégories :
Les shugenja (ou yamabushi () sont ceux qui pratiquent la voie du shugen sans être affiliés à une congrégation ;
Les ubasoku-yamabushi, « ceux qui dorment au pied de la montagne ». Ils sont rattachés à une congrégation et un temple, ou un sanctuaire en tant que fidèles-laïcs. Les yamabushi portent une tenue caractérisée par le port du Yui-Kesa avec six pompons de couleurs différentes en fonction de l’ancienneté ;
Les sōgi-yamabushi sont les religieux et moines des temples du shugendō qui sont des jushoku (responsable de temple), chefs-abbés nommés inju dans le shugen, ou des pratiquants d’ascèse pure (isse gyonin).
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